濃度を選ぶ
濃度によってよく分離できるDNAの大きさが決まります。低濃度は網目が大きく大きな断片向き、高濃度は小さな断片を分けます。
- 0.7%：約0.8〜12 kb
- 1%：約0.5〜10 kb。PCR産物やプラスミドの定番
- 1.5%：約0.2〜3 kb
- 2%：約50 bp〜2 kb
量を求める
ゲル濃度はバッファー100 mLあたりのアガロースのグラム数なので、グラム = % × 量 (mL) ÷ 100です。50 mLの1%ゲルには0.5 gが必要です。バッファーはストックから1×に作ります。50 mLあたり50× TAEなら1 mL、10× TBEなら5 mLです。泳動槽にも同じバッファーを使います。
ゲルを作る
- アガロースをフラスコに量り取り、1×バッファーを加えます。
- 電子レンジで短く加熱しては回し混ぜ、粒が残らず完全に透明になるまで溶かします。急に吹きこぼれることがあるので目を離さないでください。
- 手で持てる約50〜60 °Cまで冷まします。
- ゲル内で染色する場合は染色液を加えて回し混ぜ、コームをセットしたトレイに流し込みます。
- 20〜30分置いて固め、コームを慎重に抜きます。
泳動する
DNAは陽極（赤）に向かって泳動するので、ウェルを陰極（黒）側にしてゲルを泳動槽に置き、バッファーで覆います。ローディングダイを混ぜた試料をDNAラダーと並べてアプライし、電極間1 cmあたり約5〜8 Vで、色素の先端が3分の2ほど進むまで泳動します。
計算ツール
アガロースゲルの計算は、任意の濃度と量のアガロース、バッファー、水、染色液を求めます。決まった量のDNAをアプライするには、先にDNA濃度の計算で測ります。