Elegir el porcentaje
El porcentaje fija el tamaño de ADN que mejor separa el gel. Los porcentajes bajos dejan poros grandes para fragmentos grandes; los altos resuelven los pequeños.
- 0,7%: unos 0,8 a 12 kb
- 1%: unos 0,5 a 10 kb, lo habitual para productos de PCR y plásmidos
- 1,5%: unos 0,2 a 3 kb
- 2%: unos 50 pb a 2 kb
Calcular las cantidades
El porcentaje del gel son gramos de agarosa por 100 mL de tampón: gramos = % × volumen (mL) ÷ 100. Un gel de 50 mL al 1% necesita 0,5 g. Prepara el tampón a 1× desde un stock: 1 mL de TAE 50× por cada 50 mL, o 5 mL de TBE 10×. Usa el mismo tampón en la cubeta.
Verter el gel
- Pesa la agarosa en un matraz y añade el tampón 1×.
- Calienta en el microondas a ratos cortos, agitando entre ellos, hasta que la solución quede totalmente transparente y sin granos flotando. Vigílala: puede hervir de golpe.
- Deja que se enfríe a unos 50 a 60 °C, lo bastante para sujetar el matraz.
- Añade el colorante de ADN si tiñes en el gel, agita y vierte en la bandeja con el peine colocado.
- Deja que solidifique de 20 a 30 minutos y retira el peine con cuidado.
Correrlo
Coloca el gel en la cubeta con los pocillos junto al electrodo negativo (negro), ya que el ADN corre hacia el positivo (rojo), y cúbrelo de tampón. Carga las muestras mezcladas con tampón de carga junto a un marcador de ADN y corre a unos 5 a 8 voltios por cm entre electrodos hasta que el frente del colorante haya recorrido dos tercios del gel.
Calculadoras
La calculadora de gel de agarosa da la agarosa, el tampón, el agua y el colorante para cualquier porcentaje y volumen. Para cargar una cantidad fija de ADN, mídelo antes con la calculadora de concentración de ADN.