Den Prozentsatz wählen
Der Prozentsatz bestimmt, welche DNA-Größen das Gel am besten trennt. Niedrige Prozentsätze lassen große Poren für große Fragmente; hohe trennen kleine auf.
- 0,7 %: etwa 0,8 bis 12 kb
- 1 %: etwa 0,5 bis 10 kb, die übliche Wahl für PCR-Produkte und Plasmide
- 1,5 %: etwa 0,2 bis 3 kb
- 2 %: etwa 50 bp bis 2 kb
Die Mengen berechnen
Ein Gelprozentsatz ist Gramm Agarose pro 100 mL Puffer: Gramm = % × Volumen (mL) ÷ 100. Ein 50-mL-Gel mit 1 % braucht 0,5 g. Setze den Puffer 1× aus einer Stammlösung an: 1 mL 50× TAE pro 50 mL oder 5 mL 10× TBE. Nimm denselben Puffer in der Kammer.
Das Gel gießen
- Wiege die Agarose in einen Kolben ein und gib den 1×-Puffer dazu.
- Erhitze in der Mikrowelle in kurzen Intervallen und schwenke dazwischen, bis die Lösung völlig klar ist und keine Körnchen mehr schwimmen. Bleib dabei: Sie kann plötzlich überkochen.
- Lass sie auf etwa 50 bis 60 °C abkühlen, bis du den Kolben halten kannst.
- Gib den DNA-Farbstoff dazu, wenn du im Gel färbst, schwenke und gieß in den Schlitten mit eingesetztem Kamm.
- Lass das Gel 20 bis 30 Minuten fest werden und zieh den Kamm vorsichtig heraus.
Laufen lassen
Leg das Gel so in die Kammer, dass die Taschen an der negativen (schwarzen) Elektrode liegen, denn DNA wandert zur positiven (roten), und bedecke es mit Puffer. Trag die mit Ladepuffer gemischten Proben neben einem DNA-Marker auf und lass bei etwa 5 bis 8 Volt pro cm Elektrodenabstand laufen, bis die Farbfront zwei Drittel des Gels erreicht hat.
Rechner
Der Agarosegel-Rechner gibt Agarose, Puffer, Wasser und Farbstoff für jeden Prozentsatz und jedes Volumen aus. Um eine bestimmte DNA-Menge aufzutragen, miss sie vorher mit dem DNA-Konzentrationsrechner.