Das reverse Komplement einer DNA-Sequenz bilden

Wozu das reverse Komplement

DNA hat zwei Stränge, die in entgegengesetzte Richtungen laufen. Sequenzen werden von 5′ nach 3′ geschrieben, der Gegenstrang in seiner eigenen 5′-3′-Richtung gelesen ist also das reverse Komplement. Man braucht es, um einen Reverse-Primer zu entwerfen, ein Gen auf dem Minusstrang zu lesen oder einen Sequenzier-Read vom Gegenstrang zu vergleichen.

Von Hand bilden

1. Jede Base gegen ihren Partner tauschen: A ↔ T und G ↔ C.
2. Das Ergebnis rückwärts lesen.

Für 5′-ATGCCTAG-3′ ist das Komplement TACGGATC und das reverse Komplement 5′-CTAGGCAT-3′. Nur umdrehen ohne zu komplementieren ergibt GATCCGTA, eine andere Sequenz und ein häufiger Fehler.

Mehrdeutige Basen und RNA

Auch IUPAC-Codes haben Partner: R (A oder G) paart mit Y (C oder T), K mit M, und B, D, H und V mit V, H, D und B. S, W und N bleiben gleich. In RNA steht U an der Stelle von T.

Im Browser erledigen

1. Reverses Komplement öffnen.
2. Eine Sequenz einfügen oder viele im FASTA-Format.
3. Reverses Komplement, revers oder komplementär wählen. Titel, Groß- und Kleinschreibung und mehrdeutige Basen bleiben erhalten.

Um T durch U zu ersetzen, gibt es DNA zu RNA.