Wozu das reverse Komplement
DNA hat zwei Stränge, die in entgegengesetzte Richtungen laufen. Sequenzen werden von 5′ nach 3′ geschrieben, der Gegenstrang in seiner eigenen 5′-3′-Richtung gelesen ist also das reverse Komplement. Man braucht es, um einen Reverse-Primer zu entwerfen, ein Gen auf dem Minusstrang zu lesen oder einen Sequenzier-Read vom Gegenstrang zu vergleichen.
Von Hand bilden
- Jede Base gegen ihren Partner tauschen: A ↔ T und G ↔ C.
- Das Ergebnis rückwärts lesen.
Für 5′-ATGCCTAG-3′ ist das Komplement TACGGATC und das reverse Komplement 5′-CTAGGCAT-3′. Nur umdrehen ohne zu komplementieren ergibt GATCCGTA, eine andere Sequenz und ein häufiger Fehler.
Mehrdeutige Basen und RNA
Auch IUPAC-Codes haben Partner: R (A oder G) paart mit Y (C oder T), K mit M, und B, D, H und V mit V, H, D und B. S, W und N bleiben gleich. In RNA steht U an der Stelle von T.
Im Browser erledigen
- Reverses Komplement öffnen.
- Eine Sequenz einfügen oder viele im FASTA-Format.
- Reverses Komplement, revers oder komplementär wählen. Titel, Groß- und Kleinschreibung und mehrdeutige Basen bleiben erhalten.
Um T durch U zu ersetzen, gibt es DNA zu RNA.
Einen Reverse-Primer entwerfen
Ein Reverse-Primer bindet am Ende der Region, die du kopieren willst, auf dem anderen Strang. Nimm die letzten 18 bis 25 Basen des oberen Strangs und bilde ihr reverses Komplement. Endet die Region mit 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′, lautet der Reverse-Primer 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.
Sequenzen, die ihr eigenes reverses Komplement sind
Viele Restriktionsschnittstellen lesen sich auf beiden Strängen gleich. GAATTC, die EcoRI-Stelle, hat das Komplement CTTAAG, rückwärts gelesen wieder GAATTC. Wegen solcher Palindrome taucht eine Schnittstelle nur einmal auf, egal welchen Strang du durchsuchst.
Häufige Probleme
- Zahlen und Leerzeichen im Ergebnis. Aus GenBank oder einem Paper kopierte Sequenzen enthalten oft Positionsnummern und Leerzeichen. Entferne sie vorher, oder nutze ein Werkzeug, das sie ignoriert.
- Das Komplement bestellen statt des reversen Komplements. Ein als einfaches Komplement bestellter Primer ist 3′ nach 5′ geschrieben und funktioniert nicht. Schreibe und bestelle Primer immer 5′ nach 3′.
- Kleinbuchstaben. Kleine Basen markieren oft Wiederholungen oder Primer-Überhänge; ein gutes Werkzeug behält beim Umdrehen die Schreibweise jeder Base.