Como obter o complemento reverso de uma sequência de DNA

Por que o complemento reverso importa

O DNA tem duas fitas que correm em sentidos opostos. As sequências são escritas de 5′ para 3′, então a outra fita, lida no seu próprio sentido 5′ para 3′, é o complemento reverso. Você precisa dele para desenhar um primer reverso, ler um gene que fica na fita negativa ou comparar uma leitura de sequenciamento que veio da fita oposta.

Calcular à mão

1. Troque cada base pelo seu par: A ↔ T e G ↔ C.
2. Leia o resultado de trás para frente.

Para 5′-ATGCCTAG-3′ o complemento é TACGGATC e o complemento reverso é 5′-CTAGGCAT-3′. Inverter sem complementar dá GATCCGTA, que é outra sequência e um erro comum.

Códigos de ambiguidade e RNA

Os códigos IUPAC também têm par: R (A ou G) pareia com Y (C ou T), K com M, e B, D, H e V com V, H, D e B. S, W e N não mudam. No RNA, U ocupa o lugar de T.

Faça no navegador

1. Abra Complemento reverso.
2. Cole uma sequência, ou várias em formato FASTA.
3. Escolha complemento reverso, reverso ou complemento. Títulos, maiúsculas e minúsculas e códigos de ambiguidade são mantidos.

Para trocar T por U, use DNA para RNA.