Por que o complemento reverso importa
O DNA tem duas fitas que correm em sentidos opostos. As sequências são escritas de 5′ para 3′, então a outra fita, lida no seu próprio sentido 5′ para 3′, é o complemento reverso. Você precisa dele para desenhar um primer reverso, ler um gene que fica na fita negativa ou comparar uma leitura de sequenciamento que veio da fita oposta.
Calcular à mão
- Troque cada base pelo seu par: A ↔ T e G ↔ C.
- Leia o resultado de trás para frente.
Para 5′-ATGCCTAG-3′ o complemento é TACGGATC e o complemento reverso é 5′-CTAGGCAT-3′. Inverter sem complementar dá GATCCGTA, que é outra sequência e um erro comum.
Códigos de ambiguidade e RNA
Os códigos IUPAC também têm par: R (A ou G) pareia com Y (C ou T), K com M, e B, D, H e V com V, H, D e B. S, W e N não mudam. No RNA, U ocupa o lugar de T.
Faça no navegador
- Abra Complemento reverso.
- Cole uma sequência, ou várias em formato FASTA.
- Escolha complemento reverso, reverso ou complemento. Títulos, maiúsculas e minúsculas e códigos de ambiguidade são mantidos.
Para trocar T por U, use DNA para RNA.
Desenhando um primer reverso
Um primer reverso se liga ao fim da região que você quer copiar, na outra fita. Pegue as últimas 18 a 25 bases da fita de cima e faça o complemento reverso. Se a região termina em 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′, o primer reverso é 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.
Sequências que são o próprio complemento reverso
Muitos sítios de restrição se leem igual nas duas fitas. GAATTC, o sítio da EcoRI, tem complemento CTTAAG, que lido de trás para frente volta a ser GAATTC. Por causa desses palíndromos, um sítio aparece uma só vez, em qualquer fita que você busque.
Problemas comuns
- Números e espaços no resultado. Sequências copiadas do GenBank ou de um artigo podem trazer números de posição e espaços. Limpe-os antes, ou use uma ferramenta que os ignore.
- Encomendar o complemento, não o complemento reverso. Um primer encomendado como complemento simples fica escrito de 3′ para 5′ e não vai funcionar. Escreva e encomende sempre os primers de 5′ para 3′.
- Letras minúsculas. Bases minúsculas costumam marcar repetições ou caudas de primers; uma boa ferramenta mantém a caixa de cada base ao inverter.