Pourquoi le complément inverse compte
L’ADN a deux brins orientés en sens opposé. Les séquences s’écrivent de 5′ vers 3′, donc l’autre brin, lu dans son propre sens 5′ vers 3′, est le complément inverse. On en a besoin pour dessiner une amorce reverse, lire un gène situé sur le brin moins ou comparer une lecture de séquençage issue du brin opposé.
Le calculer à la main
- Remplacez chaque base par sa partenaire : A ↔ T et G ↔ C.
- Lisez le résultat à l’envers.
Pour 5′-ATGCCTAG-3′, le complément est TACGGATC et le complément inverse est 5′-CTAGGCAT-3′. Inverser sans complémenter donne GATCCGTA, une autre séquence, et c’est une erreur fréquente.
Codes d’ambiguïté et ARN
Les codes IUPAC ont aussi un partenaire : R (A ou G) s’apparie avec Y (C ou T), K avec M, et B, D, H et V avec V, H, D et B. S, W et N ne changent pas. Dans l’ARN, U remplace T.
Le faire dans le navigateur
- Ouvrez Complément inverse.
- Collez une séquence, ou plusieurs au format FASTA.
- Choisissez complément inverse, inverse ou complément. Les titres, la casse et les codes d’ambiguïté sont conservés.
Pour remplacer T par U, utilisez ADN en ARN.