Comment obtenir le complément inverse d’une séquence d’ADN

Pourquoi le complément inverse compte

L’ADN a deux brins orientés en sens opposé. Les séquences s’écrivent de 5′ vers 3′, donc l’autre brin, lu dans son propre sens 5′ vers 3′, est le complément inverse. On en a besoin pour dessiner une amorce reverse, lire un gène situé sur le brin moins ou comparer une lecture de séquençage issue du brin opposé.

Le calculer à la main

1. Remplacez chaque base par sa partenaire : A ↔ T et G ↔ C.
2. Lisez le résultat à l’envers.

Pour 5′-ATGCCTAG-3′, le complément est TACGGATC et le complément inverse est 5′-CTAGGCAT-3′. Inverser sans complémenter donne GATCCGTA, une autre séquence, et c’est une erreur fréquente.

Codes d’ambiguïté et ARN

Les codes IUPAC ont aussi un partenaire : R (A ou G) s’apparie avec Y (C ou T), K avec M, et B, D, H et V avec V, H, D et B. S, W et N ne changent pas. Dans l’ARN, U remplace T.

Le faire dans le navigateur

1. Ouvrez Complément inverse.
2. Collez une séquence, ou plusieurs au format FASTA.
3. Choisissez complément inverse, inverse ou complément. Les titres, la casse et les codes d’ambiguïté sont conservés.

Pour remplacer T par U, utilisez ADN en ARN.

Concevoir une amorce reverse

Une amorce reverse se fixe à la fin de la région à copier, sur l’autre brin. Prenez les 18 à 25 dernières bases du brin du haut et calculez leur complément inverse. Si la région se termine par 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′, l’amorce reverse est 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.

Des séquences qui sont leur propre complément inverse

Beaucoup de sites de restriction se lisent de la même façon sur les deux brins. GAATTC, le site d’EcoRI, a pour complément CTTAAG, qui lu à l’envers redonne GAATTC. À cause de ces palindromes, un site n’apparaît qu’une fois, quel que soit le brin recherché.

Problèmes fréquents

• Des chiffres et des espaces dans le résultat. Les séquences copiées depuis GenBank ou un article peuvent contenir des numéros de position et des espaces. Retirez-les d’abord, ou utilisez un outil qui les ignore.
• Commander le complément au lieu du complément inverse. Une amorce commandée comme simple complément est écrite de 3′ vers 5′ et ne fonctionnera pas. Écrivez et commandez toujours les amorces de 5′ vers 3′.
• Les minuscules. Les bases en minuscules marquent souvent des répétitions ou des queues d’amorce ; un bon outil garde la casse de chaque base en inversant.