Taux de GC
Le taux de GC est la proportion de bases qui sont des G ou des C : (G + C) ÷ longueur. ATGCGC en a 4 sur 6, soit 66,7 %. Les paires G–C ont trois liaisons hydrogène au lieu de deux, donc un ADN riche en GC se dénature à plus haute température, ce qui compte pour les amorces et sondes de PCR. Statistiques d’ADN donne le décompte des bases, les taux de GC et d’AT et tous les dinucléotides.
Masse moléculaire
Pour une estimation rapide, l’ADN double brin pèse environ 650 daltons par paire de bases, et une protéine environ 110 daltons par acide aminé. Les outils Masse moléculaire de l’ADN et Masse moléculaire d’une protéine additionnent plutôt la masse exacte de chaque base ou résidu.
Point isoélectrique
Le point isoélectrique (pI) est le pH auquel une protéine n’a pas de charge nette. On l’estime à partir du nombre de résidus acides et basiques et du pKa de chacun. Des jeux de pKa différents donnent des résultats qui varient de quelques dixièmes : prenez donc la valeur comme un repère, par exemple pour choisir un tampon de chromatographie échangeuse d’ions. Point isoélectrique d’une protéine donne aussi la charge à n’importe quel pH.
GRAVY
Le GRAVY (grand average of hydropathy) est la moyenne des valeurs d’hydropathie de Kyte–Doolittle de tous les résidus. Une valeur positive indique une protéine globalement hydrophobe, une valeur négative une protéine hydrophile ; les protéines membranaires ont tendance à obtenir des valeurs plus élevées que les protéines solubles. GRAVY d’une protéine donne aussi une valeur d’hydropathie pour chaque fenêtre le long de la séquence ; des segments d’environ 20 résidus hydrophobes peuvent signaler des hélices transmembranaires.
Îlots CpG
Les îlots CpG sont des régions riches en dinucléotides CG, souvent près des promoteurs de gènes chez les vertébrés. Une définition courante est une fenêtre d’au moins 200 bases avec un taux de GC supérieur à 50 % et un rapport CpG observé/attendu supérieur à 0,6 ; la Recherche d’îlots CpG utilise ces réglages par défaut.
Usage des codons
La plupart des acides aminés ont plusieurs codons, et chaque organisme en privilégie certains. Une table d’usage des codons montre à quelle fréquence chacun est utilisé, pour mille codons et en proportion parmi ses synonymes, ce qui aide à adapter un gène pour l’exprimer dans un autre organisme. Voir Usage des codons, et Statistiques de protéine pour la composition en acides aminés.