Kandungan GC
Kandungan GC adalah proporsi basa yang berupa G atau C: (G + C) ÷ panjang. ATGCGC punya 4 dari 6, atau 66,7%. Pasangan G–C punya tiga ikatan hidrogen, bukan dua, sehingga DNA kaya GC meleleh pada suhu lebih tinggi, yang penting untuk primer dan probe PCR. Statistik DNA memberi jumlah basa, kandungan GC dan AT, serta semua dinukleotida.
Berat molekul
Perkiraan cepat untuk DNA untai ganda adalah sekitar 650 dalton per pasang basa, dan untuk protein sekitar 110 dalton per asam amino. Alat Berat Molekul DNA dan Berat Molekul Protein menjumlahkan massa tepat setiap basa atau residu.
Titik isoelektrik
Titik isoelektrik (pI) adalah pH saat protein tidak bermuatan bersih. Nilainya diperkirakan dari jumlah residu asam dan basa serta pKa masing-masing. Kumpulan nilai pKa yang berbeda memberi hasil yang selisih beberapa persepuluh, jadi anggap hasilnya sebagai panduan, misalnya saat memilih buffer untuk kromatografi penukar ion. Titik Isoelektrik Protein juga memberi muatan pada pH berapa pun.
GRAVY
Grand average of hydropathy adalah rata-rata nilai hidropati Kyte–Doolittle dari semua residu. Nilai positif berarti hidrofobik secara keseluruhan, negatif berarti hidrofilik; protein membran cenderung bernilai lebih tinggi daripada protein larut. GRAVY Protein juga memberi nilai hidropati untuk setiap jendela di sepanjang sekuens, dan bentangan sekitar 20 residu hidrofobik bisa menandakan heliks transmembran.
Pulau CpG
Pulau CpG adalah bentangan yang kaya dinukleotida CG, sering berada dekat promotor gen pada vertebrata. Definisi yang umum adalah jendela minimal 200 basa dengan kandungan GC di atas 50% dan rasio CpG teramati/harapan di atas 0,6; Pencari Pulau CpG memakai pengaturan itu secara bawaan.
Penggunaan kodon
Sebagian besar asam amino punya beberapa kodon, dan tiap organisme lebih menyukai sebagian di antaranya. Tabel penggunaan kodon menunjukkan seberapa sering tiap kodon dipakai, per seribu kodon dan sebagai proporsi di antara sinonimnya, yang membantu saat menyesuaikan gen untuk diekspresikan di organisme lain. Lihat Penggunaan Kodon, dan Statistik Protein untuk komposisi asam amino.