Kodon
Sekuens pengode protein dibaca tiga basa sekaligus. Setiap kodon tiga basa mewakili satu asam amino atau tanda berhenti. ATG mengode metionin dan biasanya menjadi kodon start. TAA, TAG, dan TGA adalah kodon stop pada kode standar. ATGGCTTAA ditranslasikan menjadi M A *, dengan * menandai stop.
Enam rangka baca
Mulai dari basa pertama, kedua, atau ketiga menghasilkan tiga translasi berbeda dari satu untai, dan komplemen baliknya menghasilkan tiga lagi. Biasanya hanya satu dari enam yang merupakan protein sebenarnya. Rangka yang benar umumnya berupa bentangan panjang tanpa kodon stop, yang disebut rangka baca terbuka (ORF).
Menemukan protein dalam sekuens yang lebih panjang
- Tempel DNA ke Pencari ORF dan tetapkan panjang minimum, misalnya 100 kodon.
- Periksa ORF terpanjang di kedua untai.
- Salin yang Anda inginkan ke Translasi DNA ke Protein untuk melihatnya kodon demi kodon.
Kode genetik
Sebagian besar organisme memakai kode standar, tetapi tidak semuanya. Di mitokondria vertebrata, TGA mengode triptofan, sedangkan AGA dan AGG adalah stop, dan sebagian bakteri, khamir, serta ciliata punya variasi sendiri. Pilih kode genetik NCBI yang sesuai, atau gen mitokondria akan tampak penuh kodon stop.
Arah sebaliknya
Sebagian besar asam amino punya lebih dari satu kodon, jadi satu protein tidak menghasilkan satu sekuens DNA yang pasti. Translasi Balik menuliskan kemungkinannya dengan kode IUPAC, atau memakai kodon yang paling sering dari tabel penggunaan kodon.
Satu urutan, tiga rangka baca
Urutan ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA dibaca mulai dari masing-masing tiga basa pertamanya:
| Rangka | Kodon | Protein |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
Rangka 1 dimulai dengan ATG dan berakhir rapi di kodon stop, sehingga kemungkinan besar inilah rangka pengode.
Masalah umum
- Proteinnya penuh kodon stop. Urutannya mungkin DNA genom yang berisi intron. Terjemahkan urutan pengode atau mRNA, bukan gen sebagaimana adanya di genom.
- Muncul X di protein. Sebuah kodon berisi N atau kode ambigu lain, sehingga asam aminonya tidak bisa diketahui.
- Gen bakteri dimulai tanpa ATG. Bakteri juga memakai GTG dan TTG sebagai kodon awal. Di awal gen, kodon ini tetap mengode metionin.
- Ada stop di tengah protein yang sudah dikenal. Beberapa protein menyisipkan selenosistein pada kodon UGA, dipandu struktur khusus di mRNA. Alat penerjemah menampilkan stop di sana.