Apa itu ORF
Open reading frame adalah rangkaian kodon yang dimulai dengan kodon start dan berakhir pada kodon stop pertama (TAA, TAG, atau TGA) di frame yang sama. Itulah bagian sekuens yang dapat ditranslasi menjadi protein. Gen asli adalah ORF, tetapi tidak setiap ORF adalah gen: yang pendek muncul secara kebetulan di mana-mana.
Enam frame pembacaan
Sekuens dapat dibaca dalam tiga frame pada untai maju, mulai dari basa 1, 2, atau 3, dan tiga lagi pada komplemen baliknya. Gen pada untai balik tidak terlihat di frame maju, jadi pencarian harus mencakup keenamnya kecuali Anda tahu orientasinya.
Memilih pengaturan
- Kodon start: ATG untuk eukariot dan kebanyakan pencarian. Bakteri juga memulai lebih dari satu dari sepuluh gen dengan GTG dan sebagian kecil dengan TTG, jadi sertakan keduanya untuk DNA bakteri. "Kodon apa pun" menemukan frame dari stop ke stop, berguna untuk sekuens parsial tanpa start.
- Panjang minimum: kodon stop muncul secara kebetulan kira-kira setiap 21 kodon pada DNA acak, jadi batas 100 kodon menghilangkan sebagian besar derau. Turunkan untuk peptida pendek atau gen virus; naikkan untuk pemindaian skala genom.
- Kode genetik: sekuens mitokondria dan beberapa bakteri memakai kodon stop dan start yang berbeda, jadi pilih tabel yang tepat.
Memilih yang asli
ORF terpanjang biasanya adalah gennya, tetapi periksa: sekuens pengode asli punya penggunaan kodon yang sesuai dengan organismenya, protein yang masuk akal tanpa deretan panjang satu asam amino, dan untuk mRNA eukariot konteks Kozak (GCCACCATGG) di sekitar start. Pada DNA genomik, intron memecah gen menjadi potongan-potongan, jadi pencarian ORF bekerja pada cDNA dan genom bakteri, bukan pada gen yang disambung (spliced).
Temukan dan translasi
- Tempel sekuens ke Pencari ORF, pilih frame, kodon start, dan panjang minimum.
- Setiap ORF dicantumkan dengan frame, awal, akhir, panjang, dan sekuens proteinnya.
- Translasi daerah pilihan dengan Translasi DNA ke Protein, atau lihat keenam frame sekaligus di Peta Translasi.