Cómo encontrar marcos abiertos de lectura (ORF)

Qué es un ORF

Un marco abierto de lectura es una serie de codones que empieza en un codón de inicio y termina en el primer codón de parada (TAA, TAG o TGA) del mismo marco. Es la parte de una secuencia que podría traducirse a proteína. Un gen real es un ORF, pero no todo ORF es un gen: los cortos aparecen por azar en todas partes.

Seis marcos de lectura

Una secuencia puede leerse en tres marcos en la hebra directa, empezando en la base 1, 2 o 3, y en tres más en el complemento inverso. Un gen en la hebra inversa es invisible en los marcos directos, así que la búsqueda debe cubrir los seis salvo que conozcas la orientación.

Elegir los ajustes

• Codones de inicio: ATG para eucariotas y la mayoría de búsquedas. Las bacterias inician más de uno de cada diez genes con GTG y unos pocos con TTG, así que inclúyelos en ADN bacteriano. «Cualquier codón» encuentra marcos de parada a parada, útil en secuencias parciales sin inicio.
• Longitud mínima: en ADN aleatorio aparece un codón de parada por azar cada 21 codones aproximadamente, así que un corte de 100 codones elimina casi todo el ruido. Bájalo para péptidos cortos o genes víricos; súbelo para rastreos a escala genómica.
• Código genético: las secuencias mitocondriales y algunas bacterianas usan otros codones de parada e inicio, así que elige la tabla correcta.

Elegir el verdadero

El ORF más largo suele ser el gen, pero compruébalo: una secuencia codificante real tiene un uso de codones acorde con el organismo, una proteína plausible sin largas series de un mismo aminoácido y, en ARNm eucariota, un contexto Kozak (GCCACCATGG) alrededor del inicio. En ADN genómico los intrones parten los genes en trozos, así que la búsqueda de ORF funciona en ADNc y genomas bacterianos, no en genes con intrones.

Encontrar y traducir

1. Pega la secuencia en el Buscador de ORF y elige los marcos, los codones de inicio y la longitud mínima.
2. Cada ORF se lista con su marco, inicio, fin, longitud y secuencia proteica.
3. Traduce la región elegida con Traducir ADN a proteína, o mira los seis marcos a la vez en el Mapa de traducción.