Como encontrar fases abertas de leitura (ORFs)

O que é uma ORF

Uma fase aberta de leitura é uma sequência de códons que começa num códon de início e termina no primeiro códon de parada (TAA, TAG ou TGA) da mesma fase. É a parte da sequência que poderia ser traduzida em proteína. Um gene real é uma ORF, mas nem toda ORF é um gene: as curtas aparecem por acaso em toda parte.

Seis fases de leitura

Uma sequência pode ser lida em três fases na fita direta, começando na base 1, 2 ou 3, e em mais três no complemento reverso. Um gene na fita reversa é invisível nas fases diretas, então a busca deve cobrir todas as seis, a menos que você conheça a orientação.

Escolhendo as configurações

• Códons de início: ATG para eucariotos e a maioria das buscas. Bactérias iniciam mais de um gene em dez com GTG e alguns com TTG, então inclua-os em DNA bacteriano. "Qualquer códon" encontra fases de parada a parada, útil para sequências parciais sem início.
• Comprimento mínimo: em DNA aleatório aparece um códon de parada por acaso a cada 21 códons, mais ou menos, então um corte de 100 códons elimina a maior parte do ruído. Baixe-o para peptídeos curtos ou genes virais; suba-o para varreduras em escala genômica.
• Código genético: sequências mitocondriais e algumas bacterianas usam outros códons de parada e início, então escolha a tabela certa.

Escolhendo a verdadeira

A ORF mais longa costuma ser o gene, mas confira: uma sequência codificante real tem um uso de códons compatível com o organismo, uma proteína plausível sem longas repetições de um mesmo aminoácido e, em mRNA eucariótico, um contexto Kozak (GCCACCATGG) em volta do início. Em DNA genômico os íntrons quebram os genes em pedaços, então a busca de ORFs funciona em cDNA e genomas bacterianos, não em genes com íntrons.

Encontrar e traduzir

1. Cole a sequência no Localizador de ORF e escolha as fases, os códons de início e o comprimento mínimo.
2. Cada ORF é listada com fase, início, fim, comprimento e sequência proteica.
3. Traduza a região escolhida com Traduzir DNA em proteína, ou veja as seis fases de uma vez no Mapa de tradução.