Identidade e similaridade
As duas são lidas de um alinhamento, coluna por coluna. A porcentagem de identidade é a parcela de colunas em que as duas sequências têm o mesmo resíduo. A porcentagem de similaridade conta também as colunas em que os resíduos diferem mas são quimicamente parecidos, como leucina contra isoleucina ou aspartato contra glutamato. Similaridade só faz sentido para proteínas; para DNA, o número a usar é a identidade.
O denominador importa
Duas sequências com 90 colunas idênticas podem ser relatadas como 90% idênticas num alinhamento de 100 colunas, 75% sobre a sequência mais longa de 120 resíduos, ou 95% sobre as 95 colunas sem gaps. As ferramentas diferem:
- O BLAST divide pelo comprimento do alinhamento, incluindo gaps.
- O EMBOSS Needle faz o mesmo, mas relata os gaps à parte.
- Algumas ferramentas dividem pela sequência mais curta, o que infla o número de um fragmento curto que coincide com parte de uma proteína longa.
Ao citar um valor, diga por que ele foi dividido e se o alinhamento foi global ou local.
Quais resíduos são similares
Os grupos de similaridade costumam seguir as pontuações positivas da matriz BLOSUM62. Grupos comuns: I, L, V e M; F, Y e W; K, R e H; D e E; N e Q; S e T; A e G. A maioria das ferramentas mostra a regra que usa; a ferramenta Identidade e similaridade daqui marca separadamente as colunas idênticas e as similares.
O que os números significam
Duas proteínas mais de 30% idênticas em todo o comprimento são quase sempre homólogas e compartilham o enovelamento. Entre 20 e 30% é a zona crepuscular, onde um alinhamento pode ser real ou acaso, e o valor E estatístico de uma busca em banco de dados é o melhor guia. O DNA diverge mais rápido nas posições silenciosas, então dois genes que codificam proteínas quase idênticas podem ser apenas 70% idênticos no nível do DNA.
Calcule
- Alinhe as sequências com Alinhar duas proteínas ou Alinhar dois DNA, ou cole um alinhamento que você já tenha.
- Cole as sequências alinhadas em Identidade e similaridade. Ela conta as colunas idênticas e similares e relata as duas porcentagens com o comprimento do alinhamento.