Identitas dan kemiripan
Keduanya dibaca dari penjajaran, kolom demi kolom. Persen identitas adalah bagian kolom tempat kedua sekuens punya residu yang sama. Persen kemiripan juga menghitung kolom tempat residunya berbeda tetapi serupa secara kimiawi, seperti leusin dengan isoleusin atau aspartat dengan glutamat. Kemiripan hanya bermakna untuk protein; untuk DNA, identitaslah angka yang dipakai.
Penyebutnya penting
Dua sekuens dengan 90 kolom identik dapat dilaporkan sebagai 90% identik pada penjajaran 100 kolom, 75% pada sekuens yang lebih panjang dengan 120 residu, atau 95% pada 95 kolom yang bukan gap. Alat-alat berbeda:
- BLAST membagi dengan panjang penjajaran, termasuk gap.
- EMBOSS Needle sama, tetapi melaporkan gap secara terpisah.
- Beberapa alat membagi dengan sekuens yang lebih pendek, yang menggelembungkan angka untuk fragmen pendek yang cocok dengan sebagian protein panjang.
Saat mengutip suatu angka, sebutkan pembaginya dan apakah penjajarannya global atau lokal.
Residu mana yang mirip
Kelompok kemiripan biasanya mengikuti skor positif pada matriks BLOSUM62. Kelompok yang umum: I, L, V, dan M; F, Y, dan W; K, R, dan H; D dan E; N dan Q; S dan T; A dan G. Kebanyakan alat memperlihatkan aturan yang dipakainya; alat Identitas dan Kemiripan di sini menandai kolom identik dan kolom mirip secara terpisah.
Arti angkanya
Dua protein yang lebih dari 30% identik di seluruh panjangnya hampir selalu homolog dan berbagi lipatan yang sama. Antara 20 dan 30% adalah zona senja, tempat penjajaran bisa asli atau kebetulan, dan nilai E statistik dari pencarian basis data adalah panduan yang lebih baik. DNA berdivergensi lebih cepat di posisi diam, jadi dua gen yang mengodekan protein hampir identik bisa hanya 70% identik di tingkat DNA.
Hitung
- Sejajarkan sekuens dengan Sejajarkan Dua Protein atau Sejajarkan Dua DNA, atau tempel penjajaran yang sudah Anda miliki.
- Tempel sekuens yang sudah sejajar ke Identitas dan Kemiripan. Alat ini menghitung kolom identik dan mirip lalu melaporkan kedua persentase beserta panjang penjajaran.