Cara Membaca File GenBank

Kepala file

• LOCUS: nama, panjang dalam pasangan basa, jenis molekul (DNA, mRNA), linear atau sirkular, dan tanggal.
• DEFINITION: deskripsi satu baris.
• ACCESSION dan VERSION: ID rekaman, misalnya NM_000546.6. Angka setelah titik berubah saat sekuensnya berubah.
• SOURCE dan ORGANISM: asal sekuens.
• REFERENCE: makalah yang menjelaskannya.

FEATURES

Setiap fitur punya jenis (gene, CDS, promoter, misc_feature) dan lokasi, diikuti kualifier seperti /gene="TP53", /product=, atau /translation= yang berisi sekuens protein sebuah CDS.

• 100..500: basa 100 sampai 500 di untai atas.
• complement(100..500): basa yang sama, dibaca pada untai seberang.
• join(100..200,300..450): potongan yang digabung, seperti ekson sebuah gen.
• <1..300 atau 200..>900: fitur berlanjut melewati ujung sekuens.

ORIGIN

Sekuensnya sendiri, dalam blok sepuluh huruf kecil dengan posisi di awal setiap baris, diakhiri //.

Bekerja dengannya

Konverter GenBank ke FASTA membuang angka dan spasi dan memberi sekuens polos yang diharapkan kebanyakan alat. Untuk melihat fitur digambar sebagai peta, buka file di Penampil Peta Plasmid. Fitur di untai komplemen dibaca dari 5' ke 3' sebagai komplemen balik rentangnya.