Mengapa komplemen balik penting
DNA punya dua untai yang berjalan berlawanan arah. Sekuens ditulis dari 5′ ke 3′, jadi untai pasangannya, bila dibaca dalam arah 5′ ke 3′-nya sendiri, adalah komplemen balik. Anda memerlukannya untuk merancang primer reverse, membaca gen yang terletak di untai minus, atau membandingkan read sekuensing yang berasal dari untai seberang.
Menghitung dengan tangan
- Ganti setiap basa dengan pasangannya: A ↔ T dan G ↔ C.
- Baca hasilnya dari belakang.
Untuk 5′-ATGCCTAG-3′, komplemennya TACGGATC dan komplemen baliknya 5′-CTAGGCAT-3′. Membalik tanpa mengomplemenkan menghasilkan GATCCGTA, sekuens yang berbeda, dan ini kesalahan yang sering terjadi.
Kode ambigu dan RNA
Kode IUPAC juga punya pasangan: R (A atau G) berpasangan dengan Y (C atau T), K dengan M, serta B, D, H, dan V dengan V, H, D, dan B. S, W, dan N tetap sama. Pada RNA, U menggantikan T.
Lakukan di browser
- Buka Komplemen Balik.
- Tempel satu sekuens, atau banyak sekaligus dalam format FASTA.
- Pilih komplemen balik, kebalikan, atau komplemen. Judul, huruf besar-kecil, dan kode ambigu tetap dipertahankan.
Untuk mengganti T dengan U, gunakan DNA ke RNA.
Merancang primer reverse
Primer reverse menempel di ujung daerah yang ingin disalin, pada untai lainnya. Ambil 18 sampai 25 basa terakhir dari untai atas, lalu buat komplemen baliknya. Jika daerahnya berakhir dengan 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′, primer reverse-nya adalah 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′.
Sekuens yang merupakan komplemen baliknya sendiri
Banyak situs restriksi terbaca sama di kedua untai. GAATTC, situs EcoRI, punya komplemen CTTAAG, yang jika dibaca terbalik kembali menjadi GAATTC. Karena palindrom seperti ini, sebuah situs hanya muncul sekali, untai mana pun yang kamu cari.
Masalah umum
- Angka dan spasi di hasilnya. Sekuens yang disalin dari GenBank atau makalah bisa membawa nomor posisi dan spasi. Bersihkan dulu, atau pakai alat yang mengabaikannya.
- Memesan komplemen, bukan komplemen balik. Primer yang dipesan sebagai komplemen biasa tertulis dari 3′ ke 5′ dan tidak akan bekerja. Selalu tulis dan pesan primer dari 5′ ke 3′.
- Huruf kecil. Basa huruf kecil sering menandai pengulangan atau ekor primer; alat yang baik mempertahankan huruf besar-kecil setiap basa saat membalik.