Cara Membuat Komplemen Balik Sekuens DNA

Mengapa komplemen balik penting

DNA punya dua untai yang berjalan berlawanan arah. Sekuens ditulis dari 5′ ke 3′, jadi untai pasangannya, bila dibaca dalam arah 5′ ke 3′-nya sendiri, adalah komplemen balik. Anda memerlukannya untuk merancang primer reverse, membaca gen yang terletak di untai minus, atau membandingkan read sekuensing yang berasal dari untai seberang.

Menghitung dengan tangan

1. Ganti setiap basa dengan pasangannya: A ↔ T dan G ↔ C.
2. Baca hasilnya dari belakang.

Untuk 5′-ATGCCTAG-3′, komplemennya TACGGATC dan komplemen baliknya 5′-CTAGGCAT-3′. Membalik tanpa mengomplemenkan menghasilkan GATCCGTA, sekuens yang berbeda, dan ini kesalahan yang sering terjadi.

Kode ambigu dan RNA

Kode IUPAC juga punya pasangan: R (A atau G) berpasangan dengan Y (C atau T), K dengan M, serta B, D, H, dan V dengan V, H, D, dan B. S, W, dan N tetap sama. Pada RNA, U menggantikan T.

Lakukan di browser

1. Buka Komplemen Balik.
2. Tempel satu sekuens, atau banyak sekaligus dalam format FASTA.
3. Pilih komplemen balik, kebalikan, atau komplemen. Judul, huruf besar-kecil, dan kode ambigu tetap dipertahankan.

Untuk mengganti T dengan U, gunakan DNA ke RNA.