CpG lebih langka dari seharusnya
CpG berarti sitosin yang diikuti guanin di sepanjang satu untai (p adalah fosfat di antaranya). Pada sekuens acak dengan GC 40%, CpG seharusnya muncul sekali setiap 25 dinukleotida, tetapi di sebagian besar genom manusia ditemukan sekitar lima kali lebih jarang. Sitosin termetilasi pada CpG bermutasi menjadi timin sepanjang waktu evolusi, sehingga CpG perlahan hilang di mana-mana kecuali di daerah yang tetap tidak termetilasi.
Apa itu pulau CpG
Pulau CpG adalah bentangan di mana CpG sesering yang diprediksi peluang. Kriteria yang lazim, dari Gardiner-Garden dan Frommer (1987):
- panjang minimal 200 bp,
- kandungan GC di atas 50%,
- rasio CpG teramati/diharapkan di atas 0,6, dengan diharapkan = (jumlah C × jumlah G) ÷ panjang.
Kriteria yang lebih ketat (Takai dan Jones, 2002: 500 bp, GC 55%, rasio 0,65) menyingkirkan pengulangan Alu, yang jika tidak akan lolos. Sekitar 60% gen manusia, termasuk hampir semua gen housekeeping, punya pulau CpG di promotornya.
Mengapa penting
Pulau CpG promotor biasanya tidak termetilasi dan gennya terbuka untuk transkripsi. Ketika pulau termetilasi, gen dibungkam; begitulah banyak penekan tumor dimatikan pada kanker dan begitulah imprinting dan inaktivasi X bekerja. Menemukan pulau dalam sekuens adalah langkah pertama memilih daerah untuk sekuensing bisulfit atau PCR spesifik metilasi.
Memindai sekuens
- Tempel sekuens ke Pencari Pulau CpG.
- Atur jendela (200 bp adalah standar), GC % minimum, dan rasio teramati/diharapkan minimum.
- Alat menggeser jendela di sepanjang sekuens dan melaporkan setiap daerah yang memenuhi ambang, dengan posisi, panjang, GC %, dan rasionya.
Jendela yang lolos dan tumpang tindih digabung menjadi satu pulau. Periksa hasil yang di ambang batas dengan pengaturan yang lebih ketat sebelum mengandalkannya.
Alat terkait
Statistik DNA memberikan kandungan GC dan hitungan dinukleotida seluruh sekuens, dan Cari Pola DNA mencantumkan setiap posisi CG.