Rumusnya
kandungan GC (%) = (G + C) ÷ (A + T + G + C) × 100
Hitung hanya A, C, G, dan T; basa ambigu seperti N dikeluarkan dari kedua angka. Sekuens ATGCGCTAAGCC punya 12 basa dengan 7 G atau C, jadi kandungan GC-nya 7 ÷ 12 = 58%. Kedua untai punya kandungan GC yang sama, karena setiap G berpasangan dengan C.
Mengapa GC penting
- Kestabilan: pasangan G-C punya tiga ikatan hidrogen dan bertumpuk lebih kuat daripada pasangan A-T, jadi DNA kaya GC meleleh pada suhu lebih tinggi.
- Primer: targetkan GC 40 sampai 60% dan suhu leleh 55 sampai 65 °C. G atau C di ujung 3' (GC clamp) membantu primer menempel, tetapi lebih dari tiga di lima basa terakhir menyebabkan mispriming.
- PCR: cetakan di atas sekitar 65% GC membentuk struktur sekunder dan perlu aditif (DMSO, betain) atau suhu denaturasi lebih tinggi.
- Sekuensing dan kloning: GC yang sangat tinggi atau sangat rendah memberi cakupan tak merata dan perakitan lebih sulit.
Nilai khas
- Genom manusia: 41% secara keseluruhan, dari 35% sampai lebih dari 60% di daerah yang berbeda.
- E. coli: 51%. Saccharomyces cerevisiae: 38%.
- Plasmodium falciparum: 19%, termasuk yang terendah yang diketahui.
- Streptomyces dan aktinomiset lain: lebih dari 70%.
GC skew
GC skew, (G − C) ÷ (G + C) dalam jendela geser, mengukur untai mana yang punya lebih banyak G. Pada genom bakteri tandanya berbalik di titik asal dan terminus replikasi, jadi plot skew menunjukkan lokasi titik asal.
Alat
Statistik DNA memberikan kandungan GC, hitungan basa, dan suhu leleh sekuens apa pun, untuk satu rekaman atau seluruh berkas FASTA. Kalkulator Tm Primer memeriksa GC dan Tm primer, dan Pencari Pulau CpG memindai daerah kaya GC untuk mencari pulau CpG.