Formatnya
- FASTA berupa satu baris judul yang diawali >, diikuti sekuensnya. Hampir semua program bisa membacanya.
- GenBank, entri dari NCBI, berisi kepala, tabel FEATURES yang menjelaskan gen dan bagian lain, serta sekuens setelah ORIGIN, diakhiri //.
- EMBL, entri dari ENA, berisi informasi yang sama dengan kode dua huruf di awal setiap baris dan sekuens setelah SQ.
Mengonversi seluruh sekuens
- Buka GenBank ke FASTA, atau EMBL ke FASTA untuk file EMBL.
- Tempel entrinya, atau beberapa entri berurutan.
- Salin atau unduh FASTA-nya. Nomor aksesi dan deskripsi menjadi baris judul.
Mengambil satu gen
Satu entri genom bisa berisi ribuan fitur. Ekstraktor Fitur GenBank menuliskan DNA setiap CDS, gen, rRNA, atau jenis fitur lain yang Anda pilih sebagai entri FASTA tersendiri. Alat ini mengikuti join() untuk gen yang terbagi menjadi ekson dan complement() untuk gen di untai seberang, sehingga sekuensnya keluar dengan urutan dan orientasi yang benar.
Mendapatkan proteinnya
Untuk sekuens pengode, proteinnya biasanya sudah tertulis di entri, pada kualifier /translation. Ekstraktor Translasi GenBank mendaftar protein tersebut sebagai FASTA tanpa mentranslasi ulang.