GenBank를 FASTA로 변환하는 방법

형식의 차이

• FASTA는 >로 시작하는 제목 줄과 그 뒤의 서열만 있는 형식입니다. 거의 모든 프로그램이 읽을 수 있습니다.
• GenBank는 NCBI 엔트리로, 헤더, 유전자 등의 위치를 적은 FEATURES 표, ORIGIN 뒤의 서열로 되어 있고 마지막이 //입니다.
• EMBL은 ENA 엔트리로, 같은 정보를 줄마다 앞에 붙은 두 글자 코드와 함께 담고 있으며, 서열은 SQ 뒤에 있습니다.

서열 전체 변환하기

1. GenBank → FASTA 변환을 엽니다. EMBL 파일이라면 EMBL → FASTA 변환입니다.
2. 엔트리를 붙여 넣습니다. 여러 개를 이어서 붙여 넣어도 됩니다.
3. FASTA를 복사하거나 내려받습니다. 액세션 번호와 설명이 제목 줄이 됩니다.

유전자 하나 꺼내기

유전체 엔트리에는 피처가 수천 개 들어 있을 수 있습니다. GenBank 피처 추출은 고른 CDS, gene, rRNA 등 피처의 DNA를 각각 따로 FASTA 엔트리로 씁니다. 엑손으로 나뉜 유전자의 join()이나 반대 가닥에 있는 유전자의 complement()도 따르므로, 서열은 올바른 순서와 방향으로 나옵니다.

단백질 얻기

암호화 서열의 단백질은 보통 엔트리의 /translation 수식어에 이미 적혀 있습니다. GenBank 번역 추출은 다시 번역하지 않고 그 단백질들을 FASTA로 나열합니다.