DNA 서열의 제한효소 자리 찾는 방법

제한효소가 자르는 방식

제한효소는 저마다 짧은 서열, 대개 4~8염기의 회문 서열을 인식하고 그 안이나 옆을 자릅니다. EcoRI는 GAATTC를 인식해 두 가닥 모두 G와 A 사이를 자르므로, 네 염기 AATT가 튀어나온 말단, 즉 점착 말단이 남습니다. EcoRV는 GATATC의 한가운데를 잘라 평활 말단을 남깁니다.

어떤 효소가 자르는지 찾기

1. 서열을 제한효소 요약에 붙여 넣습니다.
2. 선형인지 원형인지 고릅니다. 플라스미드는 원형입니다.
3. 효소 목록, 절단 횟수, 위치, 조각 길이를 확인합니다.

한 곳만 자르는 효소가 플라스미드를 여는 데 쓸 수 있는 효소입니다. 원형 분자에서는 n번 자르면 조각이 n개, 선형에서는 n + 1개가 됩니다.

서열 위에서 자리 보기

제한효소 지도는 각 절단 자리를 위에 표시한 서열을 보여 줍니다. 자리가 생각한 곳에 있는지 확인하거나, 유전자 양쪽에 있는 두 효소를 찾을 때 편리합니다.

단백질을 바꾸지 않고 자리 만들기

알맞은 자리가 없을 때는 침묵 돌연변이 1~2개로 단백질을 바꾸지 않고 자리를 만들 수 있기도 합니다. 제한 자리 만드는 변이는 암호화 서열 안에서 그렇게 할 수 있는 곳을 나열합니다. 자리 지정 돌연변이 유발이나 프라이머 설계에 바로 쓸 수 있습니다.