역상보 서열이 필요한 이유
DNA는 서로 반대 방향으로 달리는 두 가닥으로 되어 있습니다. 서열은 5′에서 3′ 방향으로 쓰기 때문에, 반대쪽 가닥을 그 가닥의 5′→3′ 방향으로 읽은 것이 역상보 서열입니다. 역방향 프라이머 설계, 음성 가닥에 있는 유전자 읽기, 반대 가닥에서 읽힌 시퀀싱 리드와의 비교에 필요합니다.
손으로 구하기
- 염기를 각각 짝 염기로 바꿉니다: A ↔ T, G ↔ C.
- 결과를 뒤에서부터 읽습니다.
5′-ATGCCTAG-3′의 상보 서열은 TACGGATC, 역상보 서열은 5′-CTAGGCAT-3′입니다. 상보 없이 뒤집기만 하면 GATCCGTA가 되는데, 이는 다른 서열입니다. 흔한 실수입니다.
축퇴 코드와 RNA
IUPAC 코드에도 짝이 있습니다. R(A 또는 G)은 Y(C 또는 T)와, K는 M과, B·D·H·V는 각각 V·H·D·B와 짝을 이룹니다. S·W·N은 그대로입니다. RNA에서는 T 대신 U를 씁니다.
브라우저에서 바꾸기
- 역상보 서열을 엽니다.
- 서열 하나, 또는 FASTA 형식으로 여러 개를 붙여 넣습니다.
- 역상보·역순·상보 중 하나를 고릅니다. 제목, 대소문자, 축퇴 코드는 그대로 남습니다.
T를 U로 바꾸기만 한다면 DNA → RNA 변환을 쓰세요.
리버스 프라이머 설계
리버스 프라이머는 복제하려는 구간의 끝에, 반대쪽 가닥에서 결합합니다. 위 가닥의 마지막 18~25염기를 가져와 역상보 서열로 바꾸세요. 구간이 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′로 끝난다면 리버스 프라이머는 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′입니다.
자기 자신이 역상보인 서열
많은 제한효소 자리는 두 가닥에서 똑같이 읽힙니다. EcoRI 자리인 GAATTC의 상보 서열은 CTTAAG이고, 이를 거꾸로 읽으면 다시 GAATTC입니다. 이런 회문 구조 때문에 어느 가닥을 검색해도 자리는 한 번만 나옵니다.
흔한 문제
- 결과에 숫자와 공백이 섞인다. GenBank나 논문에서 복사한 서열에는 위치 번호와 공백이 들어 있을 수 있습니다. 먼저 지우거나, 이를 무시하는 도구를 쓰세요.
- 역상보가 아니라 상보 서열을 주문하기. 단순 상보 서열로 주문한 프라이머는 3′→5′로 적힌 것이라 작동하지 않습니다. 프라이머는 항상 5′→3′로 적고 주문하세요.
- 소문자. 소문자 염기는 반복 서열이나 프라이머 꼬리를 표시하는 경우가 많습니다. 좋은 도구는 뒤집을 때 각 염기의 대소문자를 유지합니다.