Ters tamamlayıcı neden önemli
DNA’nın zıt yönlerde uzanan iki zinciri vardır. Diziler 5′’ten 3′’e yazılır; bu yüzden öbür zincir, kendi 5′’ten 3′’e yönünde okunduğunda ters tamamlayıcıdır. Bir geri primer tasarlamak, eksi zincirdeki bir geni okumak ya da karşı zincirden gelen bir dizileme okumasını karşılaştırmak için ona ihtiyaç duyarsın.
Elle bul
- Her bazı eşiyle değiştir: A ↔ T ve G ↔ C.
- Sonucu tersten oku.
5′-ATGCCTAG-3′ için tamamlayıcı TACGGATC, ters tamamlayıcı ise 5′-CTAGGCAT-3′’tir. Tamamlamadan ters çevirmek GATCCGTA verir; bu farklı bir dizidir ve yaygın bir hatadır.
Belirsizlik kodları ve RNA
IUPAC kodlarının da eşleri vardır: R (A ya da G), Y (C ya da T) ile; K, M ile; B, D, H ve V de V, H, D ve B ile eşleşir. S, W ve N oldukları gibi kalır. RNA’da T’nin yerini U alır.
Tarayıcında yap
- Ters tamamlayıcı aracını aç.
- Tek bir diziyi ya da FASTA biçiminde birçoğunu yapıştır.
- Ters tamamlayıcıyı, tersi ya da tamamlayıcıyı seç. Başlıklar, büyük/küçük harf ve belirsizlik kodları korunur.
Onun yerine T’yi U’ya çevirmek için DNA’dan RNA’ya aracını kullan.
Ters primer tasarlamak
Ters primer, kopyalamak istediğin bölgenin sonuna, diğer iplikte bağlanır. Üst ipliğin son 18 ila 25 bazını al ve ters tamamlayıcısını bul. Bölge 5′-ATGGCTAGCAAGGAGGTCTTA-3′ ile bitiyorsa ters primer 5′-TAAGACCTCCTTGCTAGCCAT-3′’tür.
Kendi ters tamamlayıcısı olan diziler
Birçok kesim bölgesi iki iplikte de aynı okunur. EcoRI bölgesi GAATTC, CTTAAG’a tamamlanır ve bu da tersten okununca yine GAATTC olur. Böyle palindromlar, hangi ipliği ararsan ara bir bölgenin bir kez görünmesinin nedenidir.
Yaygın sorunlar
- Sonuçta sayılar ve boşluklar. GenBank’tan ya da bir makaleden kopyalanan diziler konum numaraları ve boşluklar taşıyabilir. Onları önce temizle ya da yok sayan bir araç kullan.
- Ters tamamlayıcı değil, yalnızca tamamlayıcıyı sipariş etmek. Düz tamamlayıcı olarak sipariş edilen bir primer 3′’ten 5′’e okunur ve işe yaramaz. Primerleri her zaman 5′’ten 3′’e yaz ve sipariş et.
- Küçük harfler. Küçük harfli bazlar çoğu zaman tekrarları ya da primer kuyruklarını işaretler; iyi bir araç ters çevirirken her bazın harf büyüklüğünü korur.