Plazmit haritası nasıl okunur

Daire

Bir plazmit haritası dairesel DNA’yı bir halka olarak çizer ve tepedeki 1. konumdan başlayarak saat yönünde numaralandırır. Toplam boyut ortada, baz çifti cinsinden gösterilir. Oklar özellikleri ve bulundukları ipliği gösterir: saat yönündeki oklar üst iplikteki özelliklerdir.

Çoğu plazmitte bulunan parçalar

• Replikasyon orijini (ori): plazmitin konakçıda kendini kopyalamasını sağlar. pUC orijinleri hücre başına yüzlerce kopya verir; p15A ve pSC101 daha az verir.
• Seçim belirteci: AmpR (ampisilin) ya da KanR (kanamisin) gibi bir direnç geni; böylece yalnızca plazmiti taşıyan hücreler çoğalır.
• Promotör: eklenen dizinin ifadesinin başladığı yer; T7, lac, CMV ya da EF-1α gibi. Konakçında çalıştığını kontrol et.
• Çoklu klonlama bölgesi (MCS): eklentini yerleştirmek için tek kesim bölgeleriyle dolu kısa bir parça.
• Etiketler ve sonlandırıcılar: His ya da FLAG etiketleri ve eklentiden sonra bir sonlandırıcı.

Kesim bölgeleri

Haritada listelenen bölgeler genellikle plazmiti yalnızca bir kez kesen tek kesim bölgeleridir. Klonlamak için MCS’te, eklentinin içini de kesmeyen iki tek kesim bölgesi seç. Kesim özeti her dizide tek kesim yapan enzimleri listeler, Kesim haritası da nereye düştüklerini gösterir.

Kendi plazmitini gör

Özelliklerini ve bölgelerini bir harita olarak çizmek için bir GenBank dosyasını Plazmit haritası görüntüleyiciye yapıştır.

Eklentinin hangi yönde girdiğini kontrol etmek

Tek bir bölgeye klonlanan bir eklenti iki yönden birinde girebilir. Eklentinin içinde, ortadan kaçık bir yerde ve vektörde birer kez kesen bir enzimle yapılan bir test kesimi ikisini ayırt eder.

1.000. konumda 1.000 bp’lik bir eklentisi olan 5.000 bp’lik bir vektör al; yani yeni plazmit 6.000 bp’dir. Test enzimi vektörü artık 3.000. konum olan yerden, eklentiyi de bir uçtan 200 bp uzaktan keser.

• Bir yönde: eklenti bölgesi 1.200’e düşer ve 1.800 ile 4.200 bp’lik parçalar verir.
• Diğer yönde: eklenti bölgesi 1.800’e düşer ve 1.200 ile 4.800 bp verir.

Eklentisi olmayan bir plazmit tek bir 5.000 bp’lik bant verir, çünkü enzim o zaman yalnızca bir kez keser.

Yaygın sorunlar

• Konumlar başka bir haritayla uyuşmuyor. Farklı kaynaklar dairesel bir plazmitin numaralandırmasına farklı noktalardan başlar. Ham konumları değil, özellikleri karşılaştır.
• Haritadaki bir bölge kesmiyor. Haritalar çoğu zaman yalnızca tek kesim bölgelerini gösterir ve bazı enzimler metilasyonla engellenir. Yalnızca çizime değil, dizinin kendisine bak.
• Özellikler yanlış etiketlenmiş. Laboratuvarlar arasında dolaşan haritalar eski ya da yanlış açıklamalar taşıyabilir. Onlara güvenmeden önce bir plazmitin kilit kısımlarını dizile.