Jel elektroforezi simülatörü
Bu benzetimdeki denklemler
| V | Gerilim V (volt) | DNA negatif yüklüdür, bu yüzden siyah elektrottan (−) kırmızıya (+) doğru yürür | |
|---|---|---|---|
| d | elektrotlar arasındaki uzaklık | bu tankta 15 cm; önemli olan E alanıdır, bu yüzden daha uzun bir tank daha çok volt ister | |
| E | elektrik alanı | standart bir yürütme için yaklaşık 5 ile 8 V/cm | |
| v | bir bandın hızı | saatte cm cinsinden |
Mevcut değerlerle:
| μ₀ | DNA’nın serbest çözeltideki mobilitesi | 3 × 10⁻⁴ cm²/(V·s), her uzunluk için aynı, çünkü yük de sürtünme de uzunlukla artar | |
|---|---|---|---|
| L | parçanın uzunluğu (bp) | jel bir elektir: uzun parçalar daha çok tutulur | |
| T | Agaroz T (% a/h) | daha yoğun bir jelin gözenekleri daha küçüktür, küçük parçaları daha iyi, büyükleri daha kötü ayırır | |
| L* | jelin hızı yarıya düşürdüğü uzunluk | deneysel bir uydurma; %1’lik bir jelde yaklaşık 20 kb’nin üzerinde her parça aynı sınır hızla yürür ve tek bir bantta yığılır |
Mevcut değerlerle:
| a, b | standart eğri | merdiven bantlarına uydurulan bir doğru; bilinmeyen bir bandı bu doğrudan okumak boyutunu verir | |
|---|---|---|---|
| R² | doğrunun ne kadar iyi uyduğu | tepeye ya da dibe yakın merdiven bantları jelin iyi ayırdığı aralığın dışına çıkınca düşer |
Mevcut değerlerle:
| σ | bir bandın genişliği | bant kuyucuk genişliğinde başlar ve difüzyonla yayılır; uzun, yavaş bir yürütme daha bulanık bantlar verir, yaklaşık 10 V/cm üzerindeki Joule ısınması onları daha da bulaştırır |
|---|
Mevcut değerlerle:
| R | tamponun direnci | 1× TAE’de mini bir jel için yaklaşık 1,6 kΩ | |
|---|---|---|---|
| P | ısınma gücü | jeli ve tamponu ısıtır: fazlası jeli gülümsetir (ortadaki kuyucuklar öne geçer) ya da eritir |
Mevcut değerlerle:
Jel elektroforezi simülatörü nasıl kullanılır
- 1. kuyu bilinen boyutlarda bir marker, 2. kuyu kesilmemiş bir plazmit, 3. kuyu bir kez kesilmiş plazmit, 4. kuyu iki enzimle kesilmiş plazmit, 5. kuyu bir PCR ürünü, 6. kuyu da yazdığın boyutları içerir. Jel hemen yürümeye başlar: DNA siyah elektrottan kırmızıya doğru ilerler, mavi yükleme boyaları önden gider.
- Yürütme süresini ve boya önünü izle ve küçük parçalar uçtan çıkmadan, bromofenol mavisi yolun yaklaşık dörtte üçündeyken durdur. Yoğun bir jelin küçük, seyreltik bir jelin büyük parçaları ayırdığını görmek için agaroz yüzdesini değiştir; daha hızlı yürütmek için gerilimi artır ve yaklaşık 10 V/cm’nin ötesinde jel ısındıkça bantların bulaştığını ve gülümsediğini gör.
- Bant boyutlarını resmin altında oku: simülasyon marker bantlarına log boyuta karşı uzaklığın düz bir çizgisini uydurur ve diğer her bandı ondan okur; markerın dışında kalan bir bant soru işaretiyle gösterilir. Grafik bu standart eğriyi gösterir. Jeli dökmek için Agaroz jel hesaplayıcıyı, gerçek bir jelden bant boyutu bulmak için Jel bant boyutu tahmincisini kullan.
Sık sorulan sorular
DNA jelde neden hareket ediyor?
Fosfat omurgası baz başına bir negatif yük taşır, bu yüzden elektrik alanında DNA pozitif elektroda doğru hareket eder. Serbest çözeltide yük ve sürtünme ikisi de uzunlukla büyür, bu yüzden her parça aynı hızla giderdi; onları ayıran agaroz ağıdır: uzun molekülleri kısalardan daha çok tutar.
Kesilmemiş plazmit neden birden fazla bant veriyor?
Doğrudan hücreden gelen bir plazmit çoğunlukla süper sarmallıdır, kendi üzerine sıkıca bükülmüştür; bu onu sıkı yapar ve aynı uzunluktaki doğrusal DNA’nın önünden gitmesini sağlar. Tek zincirinde kırık olan plazmitler jelde sürüklenen ve geride kalan açık bir halkaya gevşer. Bir kez kesilince plazmit gerçek uzunluğunda tek bir doğrusal bant olur.
Hangi agaroz yüzdesini kullanmalıyım?
5–20 kb parçalar için yaklaşık %0,7, 0,5–10 kb için %1, 0,2–3 kb için %1,5 ve 50 bp–1 kb için %2–3. Küçük parçalar seyreltik bir jelde birlikte yürür, yoğun bir jele ise büyükler zar zor girer. Yaklaşık 20 kb’nin üstünde sıradan bir jeldeki tüm parçalar aynı sınır hızla gider ve tek bir bantta yığılır; onlar için atımlı alan jelleri kullanılır.
Markerdan bant boyutu okumak ne kadar doğru?
Bant jelin ortasında, log boyutun uzaklıkla neredeyse düz bir çizgi boyunca düştüğü yerde marker bantları arasındaysa yaklaşık %5–10 içinde. Jelin üstüne ve altına yakın ve markerın aralığı dışında kötüleşir; süper sarmallı ya da çentikli plazmitin boyutu doğrusal bir markera göre hiç bulunamaz.
WebGL’nin kapalı olduğunu söylüyor.
3B görünüm, güncel her tarayıcıda bulunan WebGL’ye ihtiyaç duyar. Tarayıcı ayarlarında donanım hızlandırma kapatılmışsa ya da grafik sürücüsü çok eskiyse kapalı olabilir. Donanım hızlandırmayı aç ya da başka bir tarayıcı dene.
Bir şey yükleniyor mu?
Hayır. Simülasyonu WebGL ile kendi tarayıcın çizer; hiçbir yere hiçbir şey gönderilmez ve sayfa yüklendikten sonra çevrimdışı da çalışmaya devam eder.