जेल वैद्युतकणसंचलन सिम्युलेटर
इस सिमुलेशन के समीकरण
| V | वोल्टेज V (वोल्ट) | DNA ऋणावेशित है, इसलिए यह काले इलेक्ट्रोड (−) से लाल (+) की ओर चलता है | |
|---|---|---|---|
| d | इलेक्ट्रोड के बीच की दूरी | इस टैंक में 15 cm; असली बात क्षेत्र E है, इसलिए लंबे टैंक को ज़्यादा वोल्ट चाहिए | |
| E | विद्युत क्षेत्र | सामान्य रन के लिए लगभग 5 से 8 V/cm | |
| v | एक बैंड की चाल | cm प्रति घंटे में |
मौजूदा मानों के साथ:
| μ₀ | मुक्त विलयन में DNA की गतिशीलता | 3 × 10⁻⁴ cm²/(V·s), हर लंबाई के लिए समान, क्योंकि आवेश और घर्षण दोनों लंबाई के साथ बढ़ते हैं | |
|---|---|---|---|
| L | खंड की लंबाई (bp) | जेल एक छलनी है: लंबे खंड ज़्यादा रोके जाते हैं | |
| T | एगरोज़ T (% w/v) | सघन जेल के छिद्र छोटे होते हैं, जो छोटे खंडों को बेहतर और बड़े खंडों को कमज़ोर तरह से अलग करता है | |
| L* | वह लंबाई जिस पर जेल चाल को आधा कर देता है | एक अनुभवजन्य फ़िट; 1% जेल में लगभग 20 kb से ऊपर हर खंड एक ही सीमांत चाल से चलता है और वे एक बैंड में इकट्ठे हो जाते हैं |
मौजूदा मानों के साथ:
| a, b | मानक वक्र | लैडर बैंड पर फ़िट की गई सीधी रेखा; इससे किसी अज्ञात बैंड को पढ़ने पर उसका आकार मिलता है | |
|---|---|---|---|
| R² | रेखा कितनी अच्छी बैठती है | यह तब गिरता है जब ऊपर या नीचे के पास लैडर बैंड उस दायरे से बाहर जाते हैं जिसे जेल ठीक से अलग करता है |
मौजूदा मानों के साथ:
| σ | बैंड की चौड़ाई | बैंड कुएँ जितना चौड़ा शुरू होता है और विसरण से फैलता है; लंबा, धीमा रन धुंधले बैंड देता है, और लगभग 10 V/cm से ऊपर जूल तापन उन्हें और फैला देता है |
|---|
मौजूदा मानों के साथ:
| R | बफ़र का प्रतिरोध | 1× TAE में मिनी जेल के लिए लगभग 1.6 kΩ | |
|---|---|---|---|
| P | तापन शक्ति | जेल और बफ़र को गर्म करती है: बहुत ज़्यादा हो तो जेल मुस्कुराता है (बीच की लेन आगे निकलती हैं) या पिघल जाता है |
मौजूदा मानों के साथ:
जेल वैद्युतकणसंचलन सिम्युलेटर कैसे इस्तेमाल करें
- लेन 1 में ज्ञात आकारों का लैडर है, लेन 2 में बिना कटा प्लाज़्मिड, लेन 3 में एक बार कटा प्लाज़्मिड, लेन 4 में दो एंज़ाइम से कटा प्लाज़्मिड, लेन 5 में PCR उत्पाद और लेन 6 में आपके टाइप किए आकार। जेल तुरंत चलने लगता है: DNA काले इलेक्ट्रोड से लाल की ओर जाता है, नीली लोडिंग डाई आगे-आगे चलती है।
- रन का समय और डाई का अग्रभाग देखते रहें, और जब ब्रोमोफ़िनॉल ब्लू लगभग तीन-चौथाई रास्ता तय कर ले तब रोकें, इससे पहले कि छोटे खंड सिरे से बाहर निकल जाएँ। एगरोज़ प्रतिशत बदलकर देखें कि सघन जेल छोटे खंडों को और पतला जेल बड़े खंडों को अलग करता है; तेज़ चलाने के लिए वोल्टेज बढ़ाएँ, और लगभग 10 V/cm से ऊपर जेल गर्म होने पर बैंड को फैलते और मुस्कुराते देखें।
- चित्र के नीचे बैंड के आकार पढ़ें: सिम्युलेशन लैडर बैंड पर log आकार बनाम दूरी की सीधी रेखा फ़िट करता है और हर दूसरे बैंड को उससे पढ़ता है, और लैडर के बाहर पड़ने वाले बैंड पर प्रश्नचिह्न लगाता है। चार्ट वही मानक वक्र दिखाता है। जेल बनाने के लिए एगरोज़ जेल कैलकुलेटर, और असली जेल से बैंड का अनुमान लगाने के लिए जेल बैंड नाप अनुमानक इस्तेमाल करें।
अक्सर पूछे जाने वाले सवाल
DNA जेल में क्यों चलता है?
इसकी फ़ॉस्फ़ेट रीढ़ पर हर क्षारक के लिए एक ऋण आवेश होता है, इसलिए विद्युत क्षेत्र में DNA धन इलेक्ट्रोड की ओर चलता है। मुक्त विलयन में आवेश और खिंचाव दोनों लंबाई के साथ बढ़ते हैं, इसलिए सभी खंड एक जैसी चाल से चलते; उन्हें एगरोज़ की जाली अलग करती है, जो लंबे अणुओं को छोटों से ज़्यादा रोकती है।
बिना कटा प्लाज़्मिड एक से ज़्यादा बैंड क्यों देता है?
कोशिका से ताज़ा निकाला प्लाज़्मिड ज़्यादातर सुपरकॉइल्ड होता है, अपने ऊपर कसकर मुड़ा हुआ, जिससे वह सघन होता है और उसी लंबाई के रैखिक DNA से आगे चलता है। जिन प्लाज़्मिड के एक रज्जुक में टूट होती है, वे खुले वृत्त में ढीले हो जाते हैं जो जेल में घिसटता है और पीछे रहता है। एक बार काटने पर प्लाज़्मिड अपनी असली लंबाई पर एक ही रैखिक बैंड बन जाता है।
कौन-सा एगरोज़ प्रतिशत इस्तेमाल करूँ?
5 से 20 kb के खंडों के लिए लगभग 0.7%, 0.5 से 10 kb के लिए 1%, 0.2 से 3 kb के लिए 1.5% और 50 bp से 1 kb के लिए 2 से 3%। पतले जेल में छोटे खंड साथ-साथ चलते हैं, और सघन जेल में बड़े खंड मुश्किल से घुसते हैं। लगभग 20 kb से ऊपर साधारण जेल में सभी खंड एक ही सीमांत चाल से चलते हैं और एक बैंड में इकट्ठे हो जाते हैं; उनके लिए पल्स्ड-फ़ील्ड जेल वैद्युतकणसंचलन होता है।
लैडर से बैंड का आकार पढ़ना कितना सटीक है?
लगभग 5 से 10% तक, जब बैंड जेल के बीच में लैडर बैंड के बीच हो, जहाँ log आकार दूरी के साथ लगभग सीधी रेखा में घटता है। जेल के ऊपर-नीचे के पास और लैडर के दायरे के बाहर सटीकता घटती है, और सुपरकॉइल्ड या निक्ड प्लाज़्मिड को रैखिक लैडर से मापा ही नहीं जा सकता।
यह कहता है कि WebGL बंद है।
3D दृश्य के लिए WebGL चाहिए, जो हर आधुनिक ब्राउज़र में होता है। ब्राउज़र सेटिंग में हार्डवेयर एक्सेलरेशन बंद होने या बहुत पुराने ग्राफ़िक्स ड्राइवर से यह बंद हो सकता है। हार्डवेयर एक्सेलरेशन चालू करें या दूसरा ब्राउज़र आज़माएँ।
क्या कुछ अपलोड होता है?
नहीं। सिमुलेशन आपका अपना ब्राउज़र WebGL से बनाता है; कहीं कुछ नहीं भेजा जाता, और पेज लोड होने के बाद यह ऑफ़लाइन भी चलता रहता है।