प्रतिशत चुनें
प्रतिशत तय करता है कि जेल किस आकार का DNA सबसे अच्छा अलग करेगा। कम प्रतिशत बड़े टुकड़ों के लिए बड़े छिद्र छोड़ता है; ज़्यादा प्रतिशत छोटे टुकड़े अलग करता है।
- 0.7%: लगभग 0.8 से 12 kb
- 1%: लगभग 0.5 से 10 kb, PCR उत्पादों और प्लाज़्मिड के लिए आम
- 1.5%: लगभग 0.2 से 3 kb
- 2%: लगभग 50 bp से 2 kb
मात्राएँ निकालें
जेल प्रतिशत यानी प्रति 100 mL बफ़र में एगरोज़ के ग्राम: ग्राम = % × आयतन (mL) ÷ 100। 50 mL, 1% जेल के लिए 0.5 g। बफ़र स्टॉक से 1× बनाएँ: 50 mL के लिए 1 mL 50× TAE, या 5 mL 10× TBE। टैंक में भी वही बफ़र इस्तेमाल करें।
जेल डालें
- एगरोज़ फ़्लास्क में तौलें और 1× बफ़र डालें।
- माइक्रोवेव में थोड़ी-थोड़ी देर गर्म करें, बीच में घुमाते हुए, जब तक घोल पूरी तरह साफ़ न हो जाए और कोई दाना न तैरे। नज़र रखें: यह अचानक उबलकर बाहर आ सकता है।
- लगभग 50 से 60 °C तक ठंडा होने दें, इतना कि फ़्लास्क पकड़ सकें।
- अगर जेल में स्टेन करते हैं तो DNA स्टेन मिलाएँ, घुमाएँ और कंघी लगी ट्रे में डालें।
- 20 से 30 मिनट जमने दें, फिर कंघी सावधानी से निकालें।
चलाएँ
जेल को टैंक में ऐसे रखें कि वेल ऋणात्मक (काले) इलेक्ट्रोड की तरफ़ हों, क्योंकि DNA धनात्मक (लाल) की ओर चलता है, और बफ़र से ढक दें। लोडिंग डाई मिले नमूने DNA लैडर के साथ लोड करें और इलेक्ट्रोडों के बीच लगभग 5 से 8 वोल्ट प्रति cm पर तब तक चलाएँ जब तक डाई की अगली पंक्ति दो-तिहाई तक न पहुँचे।
कैलकुलेटर
एगरोज़ जेल कैलकुलेटर किसी भी प्रतिशत और आयतन के लिए एगरोज़, बफ़र, पानी और स्टेन बताता है। तय मात्रा में DNA लोड करने के लिए उसे पहले DNA सांद्रता कैलकुलेटर से मापें।