Cara Membuat Gel Agarosa

Memilih persentase

Persentase menentukan ukuran DNA yang paling baik dipisahkan gel. Persentase rendah memberi pori besar untuk fragmen besar; persentase tinggi memisahkan fragmen kecil.

• 0,7%: sekitar 0,8 sampai 12 kb
• 1%: sekitar 0,5 sampai 10 kb, pilihan umum untuk produk PCR dan plasmid
• 1,5%: sekitar 0,2 sampai 3 kb
• 2%: sekitar 50 bp sampai 2 kb

Menghitung jumlahnya

Persentase gel adalah gram agarosa per 100 mL buffer: gram = % × volume (mL) ÷ 100. Gel 50 mL dengan 1% perlu 0,5 g. Buat buffer 1× dari stok: 1 mL TAE 50× per 50 mL, atau 5 mL TBE 10×. Pakai buffer yang sama di bak elektroforesis.

Menuang gel

1. Timbang agarosa ke dalam labu dan tambahkan buffer 1×.
2. Panaskan di microwave sebentar-sebentar sambil diputar di antaranya, sampai larutan benar-benar jernih tanpa butiran mengambang. Awasi terus: larutan bisa tiba-tiba meluap.
3. Biarkan mendingin hingga sekitar 50 sampai 60 °C, cukup dingin untuk dipegang.
4. Tambahkan pewarna DNA jika mewarnai di dalam gel, putar, lalu tuang ke cetakan dengan sisir terpasang.
5. Biarkan mengeras 20 sampai 30 menit, lalu cabut sisir dengan hati-hati.

Menjalankannya

Letakkan gel di bak dengan sumur di sisi elektrode negatif (hitam), karena DNA bergerak ke elektrode positif (merah), lalu rendam dengan buffer. Masukkan sampel yang dicampur loading dye di samping penanda DNA, dan jalankan pada sekitar 5 sampai 8 volt per cm jarak elektrode sampai garis depan pewarna menempuh dua pertiga gel.

Kalkulator

Kalkulator gel agarosa memberi agarosa, buffer, air, dan pewarna untuk persentase dan volume apa pun. Untuk memuat jumlah DNA tertentu, ukur dulu dengan kalkulator konsentrasi DNA.