Faire un gel d’agarose

Choisir le pourcentage

Le pourcentage fixe les tailles d’ADN que le gel sépare le mieux. Les faibles pourcentages laissent de grands pores pour les grands fragments ; les forts séparent les petits.

• 0,7 % : environ 0,8 à 12 kb
• 1 % : environ 0,5 à 10 kb, le choix courant pour les produits PCR et les plasmides
• 1,5 % : environ 0,2 à 3 kb
• 2 % : environ 50 pb à 2 kb

Calculer les quantités

Le pourcentage d’un gel correspond à des grammes d’agarose pour 100 mL de tampon : grammes = % × volume (mL) ÷ 100. Un gel de 50 mL à 1 % demande 0,5 g. Préparez le tampon à 1× à partir d’un stock : 1 mL de TAE 50× pour 50 mL, ou 5 mL de TBE 10×. Utilisez le même tampon dans la cuve.

Couler le gel

1. Pesez l’agarose dans un erlenmeyer et ajoutez le tampon 1×.
2. Chauffez au micro-ondes par courtes séquences en agitant entre chacune, jusqu’à ce que la solution soit parfaitement limpide, sans grains en suspension. Surveillez-la : elle peut déborder d’un coup.
3. Laissez refroidir vers 50 à 60 °C, assez pour tenir l’erlenmeyer.
4. Ajoutez le colorant d’ADN si vous colorez dans le gel, agitez et coulez dans le moule avec le peigne en place.
5. Laissez prendre 20 à 30 minutes, puis retirez le peigne avec précaution.

Faire migrer

Placez le gel dans la cuve, puits du côté de l’électrode négative (noire), car l’ADN migre vers la positive (rouge), et recouvrez de tampon. Déposez les échantillons mélangés au tampon de charge à côté d’un marqueur de taille, et faites migrer à environ 5 à 8 volts par cm entre les électrodes jusqu’à ce que le front de colorant ait parcouru les deux tiers du gel.

Calculateurs

Le calcul de gel d’agarose donne l’agarose, le tampon, l’eau et le colorant pour tout pourcentage et volume. Pour déposer une quantité précise d’ADN, mesurez-la d’abord avec le calcul de concentration d’ADN.