Les codons
Une séquence codante se lit par groupes de trois bases. Chaque codon de trois bases correspond à un acide aminé ou à un stop. ATG code la méthionine et sert en général de codon d’initiation. TAA, TAG et TGA sont les codons stop du code standard. ATGGCTTAA se traduit par M A *, où * marque le stop.
Six cadres de lecture
Commencer à la première, à la deuxième ou à la troisième base donne trois traductions différentes d’un brin, et le complément inverse en donne trois autres. En général, une seule des six est la vraie protéine. Le bon cadre est le plus souvent une longue portion sans codon stop, appelée cadre ouvert de lecture (ORF).
Trouver la protéine dans une séquence plus longue
- Collez l’ADN dans la Recherche d’ORF et fixez une longueur minimale, par exemple 100 codons.
- Regardez les ORF les plus longs sur les deux brins.
- Copiez celui qui vous intéresse dans Traduire l’ADN en protéine pour le voir codon par codon.
Les codes génétiques
La plupart des organismes utilisent le code standard, mais pas tous. Dans les mitochondries des vertébrés, TGA code le tryptophane et AGA et AGG sont des stops, et certaines bactéries, levures et ciliés ont leurs propres variantes. Choisissez le code génétique NCBI qui convient, sinon un gène mitochondrial semblera plein de stops.
Dans l’autre sens
La plupart des acides aminés ont plusieurs codons, donc une protéine ne donne pas une seule séquence d’ADN. La Traduction inverse écrit les possibilités avec des codes IUPAC ou utilise le codon le plus fréquent d’une table d’usage des codons.
Une séquence, trois cadres
La séquence ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA lue à partir de chacune de ses trois premières bases :
| Cadre | Codons | Protéine |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
Le cadre 1 commence par ATG et finit proprement sur un codon stop, ce qui en fait le cadre codant probable.
Problèmes fréquents
- La protéine est pleine de stops. La séquence est peut-être de l’ADN génomique avec des introns. Traduisez la séquence codante ou l’ARNm, pas le gène tel qu’il se trouve dans le génome.
- Un X apparaît dans la protéine. Un codon contient N ou un autre code d’ambiguïté, son acide aminé est donc inconnu.
- Des gènes bactériens commencent sans ATG. Les bactéries utilisent aussi GTG et TTG comme codons d’initiation. En début de gène, ils codent quand même la méthionine.
- Un stop au milieu d’une protéine connue. Quelques protéines insèrent une sélénocystéine sur un codon UGA, guidées par une structure particulière de l’ARNm. Les outils de traduction y affichent un stop.