Códons
Uma sequência codificadora é lida de três em três bases. Cada códon de três bases corresponde a um aminoácido ou a uma parada. ATG codifica metionina e é o códon de início habitual. TAA, TAG e TGA são os códons de parada do código padrão. ATGGCTTAA é traduzido como M A *, em que * marca a parada.
Seis fases de leitura
Começar na primeira, na segunda ou na terceira base dá três traduções diferentes de uma fita, e o complemento reverso dá mais três. Normalmente só uma das seis é a proteína real. A fase certa costuma ser um trecho longo sem códons de parada, chamado fase aberta de leitura (ORF).
Encontrar a proteína em uma sequência maior
- Cole o DNA no Localizador de ORF e defina um comprimento mínimo, por exemplo 100 códons.
- Confira as ORFs mais longas nas duas fitas.
- Copie a que você quer em Traduzir DNA em proteína para vê-la códon por códon.
Códigos genéticos
A maioria dos organismos usa o código padrão, mas não todos. Nas mitocôndrias de vertebrados TGA codifica triptofano e AGA e AGG são de parada, e algumas bactérias, leveduras e ciliados têm variações próprias. Escolha o código genético do NCBI correspondente, ou um gene mitocondrial vai parecer cheio de paradas.
No sentido contrário
A maioria dos aminoácidos tem vários códons, então uma proteína não dá uma única sequência de DNA. Tradução reversa escreve as possibilidades com códigos IUPAC ou usa o códon mais frequente de uma tabela de uso de códons.
Uma sequência, três quadros
A sequência ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGA lida a partir de cada uma das três primeiras bases:
| Quadro | Códons | Proteína |
|---|---|---|
| 1 | ATG GCC ATT GTA ATG GGC CGC TGA | M A I V M G R * |
| 2 | TGG CCA TTG TAA TGG GCC GCT | W P L * W A A |
| 3 | GGC CAT TGT AAT GGG CCG CTG | G H C N G P L |
O quadro 1 começa com ATG e termina de forma limpa num códon de parada, o que o indica como o provável quadro codificante.
Problemas comuns
- A proteína está cheia de paradas. A sequência pode ser DNA genômico com íntrons. Traduza a sequência codificante ou o mRNA, não o gene como está no genoma.
- Aparece X na proteína. Um códon contém N ou outro código de ambiguidade, então seu aminoácido não pode ser conhecido.
- Genes bacterianos começam sem ATG. Bactérias também usam GTG e TTG como códons de início. No começo de um gene eles ainda codificam metionina.
- Uma parada dentro de uma proteína conhecida. Algumas proteínas inserem selenocisteína num códon UGA, guiadas por uma estrutura especial no mRNA. Ferramentas de tradução mostram uma parada ali.