Códons
Uma sequência codificadora é lida de três em três bases. Cada códon de três bases corresponde a um aminoácido ou a uma parada. ATG codifica metionina e é o códon de início habitual. TAA, TAG e TGA são os códons de parada do código padrão. ATGGCTTAA é traduzido como M A *, em que * marca a parada.
Seis fases de leitura
Começar na primeira, na segunda ou na terceira base dá três traduções diferentes de uma fita, e o complemento reverso dá mais três. Normalmente só uma das seis é a proteína real. A fase certa costuma ser um trecho longo sem códons de parada, chamado fase aberta de leitura (ORF).
Encontrar a proteína em uma sequência maior
- Cole o DNA no Localizador de ORF e defina um comprimento mínimo, por exemplo 100 códons.
- Confira as ORFs mais longas nas duas fitas.
- Copie a que você quer em Traduzir DNA em proteína para vê-la códon por códon.
Códigos genéticos
A maioria dos organismos usa o código padrão, mas não todos. Nas mitocôndrias de vertebrados TGA codifica triptofano e AGA e AGG são de parada, e algumas bactérias, leveduras e ciliados têm variações próprias. Escolha o código genético do NCBI correspondente, ou um gene mitocondrial vai parecer cheio de paradas.
No sentido contrário
A maioria dos aminoácidos tem vários códons, então uma proteína não dá uma única sequência de DNA. Tradução reversa escreve as possibilidades com códigos IUPAC ou usa o códon mais frequente de uma tabela de uso de códons.