Como alinhar duas sequências de DNA ou de proteína

O que um alinhamento faz

Um alinhamento posiciona duas sequências de modo que as posições que coincidem fiquem na mesma coluna. Onde uma sequência tem bases ou resíduos a mais, entram gaps (-) na outra. O resultado mostra onde as duas concordam, onde diferem e onde houve uma inserção ou uma deleção.

Alinhar duas sequências

1. Abra Alinhar dois DNA ou Alinhar duas proteínas.
2. Cole as duas sequências.
3. Leia o alinhamento com a identidade, o número de gaps e a pontuação embaixo.

As duas ferramentas alinham as sequências de ponta a ponta, um alinhamento global. Isso serve para duas versões do mesmo gene ou proteína. Para achar um trecho curto dentro de uma sequência longa, uma busca de padrões é melhor.

Gaps e pontuações

Cada coincidência soma pontos e cada diferença e cada gap tiram. Abrir um gap custa mais do que aumentar um que já existe, o que se chama penalidade afim. Isso reflete a biologia: uma inserção de seis bases é mais provável do que seis inserções separadas de uma. Os alinhamentos de proteínas pontuam as diferenças com a matriz BLOSUM62, que trata trocas entre aminoácidos parecidos, como leucina e isoleucina, quase como coincidências.

Identidade e similaridade

Identidade é a porcentagem de posições alinhadas exatamente iguais. Similaridade, em proteínas, também conta as posições com aminoácidos quimicamente parecidos. Duas proteínas podem ser 40% idênticas e 60% similares. Para várias sequências já alinhadas, Identidade e similaridade dá os números de cada par.