Was ein Alignment macht
Ein Alignment legt zwei Sequenzen so übereinander, dass übereinstimmende Positionen in derselben Spalte stehen. Wo eine Sequenz zusätzliche Basen oder Reste hat, werden in der anderen Lücken (-) eingefügt. Das Ergebnis zeigt, wo beide übereinstimmen, wo sie sich unterscheiden und wo etwas eingefügt oder entfernt wurde.
Zwei Sequenzen alignieren
- Zwei DNA-Sequenzen alignieren oder Zwei Proteine alignieren öffnen.
- Die beiden Sequenzen einfügen.
- Das Alignment mit Identität, Zahl der Lücken und Score darunter lesen.
Beide Werkzeuge alignieren die Sequenzen von Ende zu Ende, also global. Das passt für zwei Versionen desselben Gens oder Proteins. Um ein kurzes Stück in einer langen Sequenz zu finden, ist eine Mustersuche besser.
Lücken und Scores
Jede Übereinstimmung erhöht den Score, jede Abweichung und jede Lücke senkt ihn. Eine Lücke zu öffnen kostet mehr, als eine bestehende zu verlängern, das nennt man affine Lückenstrafe. Das spiegelt die Biologie: Eine Insertion von sechs Basen ist wahrscheinlicher als sechs einzelne Insertionen. Protein-Alignments bewerten Abweichungen mit der BLOSUM62-Matrix, die den Austausch ähnlicher Aminosäuren wie Leucin und Isoleucin fast wie eine Übereinstimmung behandelt.
Identität und Ähnlichkeit
Die Identität ist der Anteil der alignierten Positionen, die genau gleich sind. Die Ähnlichkeit zählt bei Proteinen zusätzlich Positionen mit chemisch ähnlichen Aminosäuren. Zwei Proteine können zu 40% identisch und zu 60% ähnlich sein. Für mehrere bereits alignierte Sequenzen liefert Identität und Ähnlichkeit die Werte für jedes Paar.