Ce que fait un alignement
Un alignement place deux séquences de façon que les positions qui correspondent se retrouvent dans la même colonne. Là où une séquence a des bases ou des résidus en plus, on insère des gaps (-) dans l’autre. Le résultat montre où elles concordent, où elles diffèrent et où il y a eu une insertion ou une délétion.
Aligner deux séquences
- Ouvrez Aligner deux ADN ou Aligner deux protéines.
- Collez les deux séquences.
- Lisez l’alignement, avec l’identité, le nombre de gaps et le score en dessous.
Les deux outils alignent les séquences d’un bout à l’autre : c’est un alignement global. Il convient à deux versions d’un même gène ou d’une même protéine. Pour trouver un court fragment dans une longue séquence, une recherche de motif est plus adaptée.
Gaps et scores
Chaque correspondance augmente le score, chaque différence et chaque gap le diminuent. Ouvrir un gap coûte plus cher que d’en allonger un qui existe déjà : c’est la pénalité affine. Elle reflète la biologie, car une insertion de six bases est plus probable que six insertions séparées d’une base. Les alignements de protéines notent les différences avec la matrice BLOSUM62, qui traite les échanges entre acides aminés proches, comme la leucine et l’isoleucine, presque comme des correspondances.
Identité et similarité
L’identité est le pourcentage de positions alignées exactement identiques. La similarité, pour les protéines, compte aussi les positions occupées par des acides aminés chimiquement proches. Deux protéines peuvent être identiques à 40 % et similaires à 60 %. Pour plusieurs séquences déjà alignées, Identité et similarité donne les chiffres pour chaque paire.