अलाइनमेंट क्या करता है
अलाइनमेंट दो सीक्वेंस को ऐसे रखता है कि मेल खाने वाली जगहें एक ही कॉलम में आएँ। जहाँ एक सीक्वेंस में ज़्यादा बेस या रेज़िड्यू हों, वहाँ दूसरे में गैप (-) डाले जाते हैं। नतीजा दिखाता है कि दोनों कहाँ मिलते हैं, कहाँ अलग हैं, और कहाँ कुछ जुड़ा या हटा है।
दो सीक्वेंस संरेखित करें
- दो DNA संरेखित करें या दो प्रोटीन संरेखित करें खोलें।
- दोनों सीक्वेंस पेस्ट करें।
- अलाइनमेंट पढ़ें, नीचे आइडेंटिटी, गैप की संख्या और स्कोर दिखता है।
दोनों टूल सीक्वेंस को एक सिरे से दूसरे सिरे तक संरेखित करते हैं, यानी ग्लोबल अलाइनमेंट। यह एक ही जीन या प्रोटीन के दो रूपों के लिए ठीक है। लंबे सीक्वेंस में कोई छोटा हिस्सा ढूँढने के लिए पैटर्न सर्च बेहतर है।
गैप और स्कोर
हर मेल स्कोर बढ़ाता है और हर बेमेल और गैप उसे घटाता है। नया गैप खोलना, पहले से मौजूद गैप को लंबा करने से ज़्यादा महँगा पड़ता है, इसे ऐफ़ाइन गैप पेनल्टी कहते हैं। यह जीव-विज्ञान से मेल खाता है: छह बेस का एक इंसर्शन, एक-एक बेस के छह अलग इंसर्शन से ज़्यादा संभव है। प्रोटीन अलाइनमेंट बेमेल को BLOSUM62 मैट्रिक्स से आँकते हैं, जो मिलते-जुलते अमीनो एसिड, जैसे ल्यूसीन और आइसोल्यूसीन, की अदला-बदली को लगभग मेल जैसा मानता है।
आइडेंटिटी और सिमिलैरिटी
आइडेंटिटी संरेखित जगहों में से उन जगहों का प्रतिशत है जो बिल्कुल एक जैसी हैं। सिमिलैरिटी, प्रोटीन में, रासायनिक रूप से मिलते-जुलते अमीनो एसिड वाली जगहें भी गिनती है। दो प्रोटीन 40% आइडेंटिकल और 60% सिमिलर हो सकते हैं। पहले से संरेखित कई सीक्वेंस के लिए समानता और सादृश्यता हर जोड़ी के आँकड़े देता है।