अलाइनमेंट क्या करता है
अलाइनमेंट दो सीक्वेंस को ऐसे रखता है कि मेल खाने वाली जगहें एक ही कॉलम में आएँ। जहाँ एक सीक्वेंस में ज़्यादा बेस या रेज़िड्यू हों, वहाँ दूसरे में गैप (-) डाले जाते हैं। नतीजा दिखाता है कि दोनों कहाँ मिलते हैं, कहाँ अलग हैं, और कहाँ कुछ जुड़ा या हटा है।
दो सीक्वेंस संरेखित करें
- दो अनुक्रम संरेखित करें खोलें और DNA या प्रोटीन चुनें।
- दोनों सीक्वेंस पेस्ट करें।
- अलाइनमेंट पढ़ें, नीचे आइडेंटिटी, गैप की संख्या और स्कोर दिखता है।
दोनों टूल सीक्वेंस को एक सिरे से दूसरे सिरे तक संरेखित करते हैं, यानी ग्लोबल अलाइनमेंट। यह एक ही जीन या प्रोटीन के दो रूपों के लिए ठीक है। लंबे सीक्वेंस में कोई छोटा हिस्सा ढूँढने के लिए पैटर्न सर्च बेहतर है।
गैप और स्कोर
हर मेल स्कोर बढ़ाता है और हर बेमेल और गैप उसे घटाता है। नया गैप खोलना, पहले से मौजूद गैप को लंबा करने से ज़्यादा महँगा पड़ता है, इसे ऐफ़ाइन गैप पेनल्टी कहते हैं। यह जीव-विज्ञान से मेल खाता है: छह बेस का एक इंसर्शन, एक-एक बेस के छह अलग इंसर्शन से ज़्यादा संभव है। प्रोटीन अलाइनमेंट बेमेल को BLOSUM62 मैट्रिक्स से आँकते हैं, जो मिलते-जुलते अमीनो एसिड, जैसे ल्यूसीन और आइसोल्यूसीन, की अदला-बदली को लगभग मेल जैसा मानता है।
आइडेंटिटी और सिमिलैरिटी
आइडेंटिटी संरेखित जगहों में से उन जगहों का प्रतिशत है जो बिल्कुल एक जैसी हैं। सिमिलैरिटी, प्रोटीन में, रासायनिक रूप से मिलते-जुलते अमीनो एसिड वाली जगहें भी गिनती है। दो प्रोटीन 40% आइडेंटिकल और 60% सिमिलर हो सकते हैं। पहले से संरेखित कई सीक्वेंस के लिए समानता और सादृश्यता हर जोड़ी के आँकड़े देता है।
एक छोटा उदाहरण
ACGTTGCA
ACG-TGCAदूसरे अनुक्रम में एक T नहीं है। आठ में से सात कॉलम मिलते हैं, और गैप दिखाता है कि एक में बेस जोड़ा गया या दूसरे से हटाया गया।
समानता इस पर निर्भर है कि किससे भाग दें
सात मिलानों को 7 ÷ 8 = 87.5% बताया जा सकता है, एलाइनमेंट के सभी कॉलम गिनकर, या 7 ÷ 7 = 100%, सिर्फ़ छोटे अनुक्रम को गिनकर। अलग-अलग प्रोग्राम अलग तरीक़ा चुनते हैं, इसलिए आँकड़ों की तुलना करते समय बताएँ कि आपने कौन-सा इस्तेमाल किया।
आम समस्याएँ
- छोटे अनुक्रम को गैप से खींच दिया जाता है। ग्लोबल एलाइनमेंट दोनों अनुक्रमों को सिरे से सिरे तक जोड़ने पर मजबूर करता है। लंबे अनुक्रम के अंदर के टुकड़े के लिए लोकल एलाइनमेंट या खोज इस्तेमाल करें।
- सीक्वेंसिंग रीड मुश्किल से एलाइन होता है। यह शायद दूसरे स्ट्रैंड से है। इसका रिवर्स कॉम्प्लिमेंट लेकर फिर से एलाइन करें।
- दूर के जीन DNA के रूप में ठीक से एलाइन नहीं होते। प्रोटीन DNA से धीरे बदलता है, क्योंकि बेस के कई बदलाव साइलेंट होते हैं। दोनों का अनुवाद करें और प्रोटीन एलाइन करें।