アラインメントとは
アラインメントは、一致する位置が同じ列に来るように2本の配列を並べることです。一方に余分な塩基や残基があるところでは、もう一方にギャップ(-)を入れます。結果から、両者が一致する場所、違う場所、挿入や欠失があった場所がわかります。
2本の配列をアラインメントする
- 2本の DNA をアラインまたは2本のタンパク質をアラインを開きます。
- 2本の配列を貼り付けます。
- アラインメントと、その下の同一性、ギャップ数、スコアを確認します。
どちらのツールも配列を端から端までそろえる、グローバルアラインメントを行います。同じ遺伝子やタンパク質の2つの版を比べるのに向いています。長い配列の中から短い部分を探すなら、パターン検索のほうが適しています。
ギャップとスコア
一致するとスコアが上がり、不一致やギャップがあると下がります。新しいギャップを開くほうが、既存のギャップを延ばすより大きく減点されます。これをアフィンギャップペナルティといいます。生物学的にも、6塩基の挿入が1回起こるほうが、1塩基の挿入が6回別々に起こるより起こりやすいからです。タンパク質のアラインメントでは不一致をBLOSUM62行列で採点し、ロイシンとイソロイシンのように似たアミノ酸どうしの置換は、ほぼ一致として扱います。
同一性と類似性
同一性は、並んだ位置のうちまったく同じものの割合です。類似性は、タンパク質の場合、化学的に似たアミノ酸の位置も数えます。2つのタンパク質が同一性40%、類似性60%ということもあります。すでにアラインメントされた複数の配列なら、同一性と類似性ですべての組み合わせの値を出せます。