DNA配列の制限酵素部位を探す方法

制限酵素の切り方

制限酵素はそれぞれ短い配列、多くは4〜8塩基の回文配列を認識し、その中か隣で切断します。EcoRIはGAATTCを認識し、両方の鎖のGとAの間で切るので、4塩基のAATTが突き出た末端、つまり付着末端が残ります。EcoRVはGATATCのちょうど真ん中で切り、平滑末端を残します。

どの酵素が切るかを調べる

1. 配列を制限酵素サマリーに貼り付けます。
2. 直鎖状か環状かを選びます。プラスミドは環状です。
3. 酵素の一覧、切断回数、位置、断片の長さを確認します。

1か所だけ切る酵素が、プラスミドを開くのに使える酵素です。環状の分子ではn回の切断でn本の断片、直鎖状ではn + 1本になります。

配列上で部位を見る

制限酵素地図は、各切断部位を上に示した配列を表示します。部位が思っている場所にあるかを確かめたり、遺伝子の両側にある2つの酵素を探したりするのに便利です。

タンパク質を変えずに部位を作る

都合のよい部位がないときは、1〜2個のサイレント変異で、タンパク質を変えずに部位を作れることがあります。制限部位を作る変異は、コード配列の中でそれができる場所を一覧にします。部位特異的変異導入やプライマー設計にそのまま使えます。