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GenBankファイルの読み方

ヘッダー

  • LOCUS:名前、塩基対での長さ、分子の種類(DNA、mRNA)、線状か環状か、日付。
  • DEFINITION:1行の説明。
  • ACCESSIONとVERSION:NM_000546.6のようなレコードのID。ピリオドの後の数字は配列が変わると変わります。
  • SOURCEとORGANISM:配列の由来。
  • REFERENCE:その配列を報告した論文。

FEATURES

各フィーチャーには種類(gene、CDS、promoter、misc_feature)と位置があり、その後に/gene="TP53"、/product=、CDSのタンパク質配列が入る/translation=などの修飾子が続きます。

  • 100..500:上側の鎖の100〜500番目の塩基。
  • complement(100..500):同じ範囲を反対側の鎖で読んだもの。
  • join(100..200,300..450):遺伝子のエキソンのように、つなぎ合わせた断片。
  • <1..300や200..>900:フィーチャーが配列の端を越えて続いていることを示します。

ORIGIN

配列そのものです。小文字で10塩基ずつ区切られ、各行の先頭に位置が付き、最後は//で終わります。

扱い方

GenBank → FASTA 変換で数字と空白を取り除けば、多くのツールが受け付ける配列だけが得られます。フィーチャーを地図として見たいときはプラスミドマップ表示でファイルを開きます。相補鎖上のフィーチャーは、その範囲の逆相補鎖として5'→3'に読みます。

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