プラスミドマップ表示

プラスミドマップを描く手順

1. GenBank または EMBL ファイルを貼り付けます。Addgene、SnapGene、Benchling、NCBI のものはどれでも使えます。
2. 環状マップが各フィーチャーの矢印とともに表示され、下にフィーチャー一覧が出ます。
3. 表示する制限酵素サイトを選び、マップを SVG でダウンロードします。

よくある質問

どんなファイルが使えますか?

GenBank(.gb、.gbk)と EMBL で、Addgene、SnapGene、Benchling、NCBI がいずれも書き出す形式です。配列だけでは足りません。描くものがあるように、フィーチャーがファイルに入っている必要があります。

一部のフィーチャーが出ないのはなぜですか?

source はプラスミド全体を覆うので除いており、位置が読めないものは飛ばします。描いたものはすべてフィーチャー一覧に出るので、何を読み取ったか確認できます。

矢印は何を表しますか?

矢印1つが1つのフィーチャーで、読まれる向きを指します。重なり合うフィーチャーは内側の輪に移して分けており、色は慣習に従います。コード配列は青、プロモーターは緑、ターミネーターは赤、複製開始点は紫、プライマー部位はオレンジです。

既定でシングルカットだけなのはなぜですか?

実際にクローニングに使えるのがその部位だからです。5 kb のプラスミドで全部位を表示すると何百ものラベルになり、何も分かりません。

あとからマップを編集できますか?

できます。ダウンロードした SVG は実際の図形と文字でできているので、Inkscape や Illustrator、Figma で開き、図のためにラベルを動かしたり色を変えたりできます。

配列はアップロードされますか？

いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。