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性質でアラインメントを色分け


タンパク質アラインメントを性質で色分けする方法

  1. ギャップを - で書いた FASTA 形式のタンパク質アラインメントを貼り付けます。
  2. 各残基が化学的性質で色分けされ、アラインメントの上に凡例が表示されます。
  3. ダウンロードで色付きのアラインメントをウェブページとして保存できます。

よくある質問

どの色が使われますか?

疎水性(A V L I M F W Y)、酸性(D E)、塩基性(K R H)、極性(S T N Q)、グリシンとプロリン、システインにそれぞれ別の色が付きます。

配列はアップロードされますか?

いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。

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