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コドン使用頻度

コドン使用表を作る方法

  1. 1本または複数のコード DNA 配列を貼り付けます。
  2. 遺伝暗号と読み枠を選びます。
  3. 表には各コドンの数、1000 コドンあたりの頻度、同じアミノ酸を指定するコドンの中での割合が並びます。

よくある質問

「割合」列は何を表しますか?

そのアミノ酸を指定するすべてのコドンに占める、そのコドンの割合です。100 個のアラニンのうち 40 個に GCC を使うタンパク質なら、GCC の割合は 0.40 です。

この表はほかのツールでも使えますか?

はい。逆翻訳やコドンプロットに貼り付けると、最も多いコドンを使ったり、まれなコドンを見つけたりできます。

配列はアップロードされますか?

いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。

その他のDNA・タンパク質配列ツール

逆相補鎖DNA → RNA 変換FASTA 配列の結合FASTA 配列の分割GenBank → FASTA 変換EMBL → FASTA 変換GenBank フィーチャー抽出EMBL フィーチャー抽出GenBank 翻訳抽出EMBL 翻訳抽出コドンに分割DNA 範囲の抽出タンパク質範囲の抽出DNA ウィンドウ抽出タンパク質ウィンドウ抽出DNA のクリーンアップタンパク質のクリーンアップDNA のグループ表示タンパク質のグループ表示アミノ酸 1文字 → 3文字アミノ酸 3文字 → 1文字DNA 統計タンパク質統計CpG アイランド検索DNA の分子量タンパク質の分子量タンパク質の等電点タンパク質の GRAVYDNA パターン検索タンパク質パターン検索DNA のあいまい検索タンパク質のあいまい検索同一性と類似性ORF 検索DNA をタンパク質に翻訳逆翻訳タンパク質アラインメントの逆翻訳PCR プライマー解析PCR 産物制限酵素サマリー制限部位を作る変異2本の DNA をアライン2本のタンパク質をアラインコドン単位のアラインメント制限酵素地図翻訳マッププライマーマップ保存度でアラインメントを色分け性質でアラインメントを色分けコドンプロットランダム DNA 配列ランダムタンパク質配列ランダムなコード DNADNA 領域のランダム化タンパク質領域のランダム化DNA のサンプリングタンパク質のサンプリングDNA のシャッフルタンパク質のシャッフルDNA に変異を入れるタンパク質に変異を入れる遺伝暗号表IUPAC コード