Частота использования кодонов
Как составить таблицу использования кодонов
- Вставьте одну или несколько кодирующих последовательностей ДНК.
- Выберите генетический код и рамку считывания.
- В таблице перечислен каждый кодон с числом, частотой на тысячу кодонов и долей среди кодонов той же аминокислоты.
Частые вопросы
Что означает столбец «Доля»?
Долю этого кодона среди всех кодонов его аминокислоты. Если белок использует GCC для 40 из 100 аланинов, доля GCC — 0,40.
Можно ли использовать таблицу в других инструментах?
Да. Вставьте её в обратную трансляцию или график кодонов, чтобы использовать самые частые кодоны или найти редкие.
Мои последовательности загружаются на сервер?
Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.
Ещё инструменты для последовательностей ДНК и белков
Обратный комплементДНК в РНКОбъединение последовательностей FASTAРазделение последовательности FASTAGenBank в FASTAEMBL в FASTAИзвлечение элементов GenBankИзвлечение элементов EMBLИзвлечение трансляций GenBankИзвлечение трансляций EMBLРазбиение на кодоныИзвлечение участков ДНКИзвлечение участков белкаСкользящее окно ДНКСкользящее окно белкаОчистка ДНКОчистка белкаГруппировка ДНКГруппировка белкаОднобуквенные коды аминокислот в трёхбуквенныеТрёхбуквенные коды аминокислот в однобуквенныеСтатистика ДНКСтатистика белкаПоиск CpG-островковМолекулярная масса ДНКМолекулярная масса белкаИзоэлектрическая точка белкаGRAVY белкаПоиск мотива в ДНКПоиск мотива в белкеНечёткий поиск в ДНКНечёткий поиск в белкеИдентичность и сходствоПоиск ORFТрансляция ДНК в белокОбратная трансляцияОбратная трансляция белкового выравниванияАнализ праймеров ПЦРПродукты ПЦРСводка рестрикцииМутации для рестрикцииПарное выравнивание ДНКПарное выравнивание белковПарное выравнивание по кодонамОптимизация кодоновПоиск гидов CRISPRРестрикционная картаКарта трансляцииКарта праймеровРаскраска выравнивания по консервативностиРаскраска выравнивания по свойствамГрафик кодоновПросмотр карты плазмидыСлучайная последовательность ДНКСлучайная белковая последовательностьСлучайная кодирующая ДНКСлучайные участки ДНКСлучайные участки белкаВыборка ДНКВыборка белкаПеремешивание ДНКПеремешивание белкаМутирование ДНКМутирование белкаГенетические кодыКоды IUPAC