Просмотр карты плазмиды
Как нарисовать карту плазмиды
- Вставьте файл GenBank или EMBL: подходят файлы из Addgene, SnapGene, Benchling или NCBI.
- Появится кольцевая карта, где каждый элемент — стрелка, а под ней таблица элементов.
- Выберите, какие сайты рестрикции показывать, затем скачайте карту в SVG.
Частые вопросы
Какие файлы можно использовать?
Файлы GenBank (.gb, .gbk) и EMBL — именно их экспортируют Addgene, SnapGene, Benchling и NCBI. Одной последовательности недостаточно: элементы должны быть в файле, иначе рисовать нечего.
Почему некоторых элементов нет?
Элемент source не показывается, потому что охватывает всю плазмиду, а всё без пригодных координат пропускается. Всё нарисованное перечислено в таблице элементов, так что видно, что было прочитано.
Что означают стрелки?
Каждая стрелка — один элемент, направленный в сторону считывания. Перекрывающиеся элементы переносятся на внутренние кольца, чтобы не сливаться, а цвета следуют обычным соглашениям: синий — кодирующие последовательности, зелёный — промоторы, красный — терминаторы, фиолетовый — точки начала репликации, оранжевый — сайты праймеров.
Почему по умолчанию только единичные сайты?
Потому что именно в них можно клонировать. Если показать все сайты на плазмиде 5 т.п.н., получатся сотни подписей, которые ничего не говорят.
Можно ли потом отредактировать карту?
Да. Скачанный SVG состоит из настоящих фигур и текста, поэтому Inkscape, Illustrator и Figma его открывают, и для рисунка можно передвигать подписи или менять цвета.
Мои последовательности загружаются на сервер?
Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.