Анализ праймеров ПЦР
Как проверить праймеры ПЦР
- Вставьте праймеры по одному на строку, с необязательным названием перед каждой последовательностью, или в формате FASTA.
- Задайте концентрации праймера и натрия для расчёта температуры плавления методом ближайших соседей.
- Каждый праймер выводится с длиной, GC-составом, тремя температурами плавления, молекулярной массой и предупреждениями.
Частые вопросы
Какую температуру плавления использовать?
Значение по методу ближайших соседей — самое точное. Базовая формула даёт 2 °C на каждый A или T и 4 °C на каждый G или C для коротких праймеров и формулу GC для длинных; значение с поправкой на соль корректирует её по натрию.
Что проверяют предупреждения?
Длину вне 18–30 оснований, GC-состав вне 40–60%, отсутствие G или C на 3'-конце, больше 3 G или C в последних 5 основаниях, повторы из 5 и более одинаковых оснований и самокомплементарные участки, которые могут образовать шпильки или праймер-димеры.
Мои последовательности загружаются на сервер?
Нет. Всё работает в браузере, поэтому последовательности не покидают устройство.
Ещё инструменты для последовательностей ДНК и белков
Обратный комплементДНК в РНКОбъединение последовательностей FASTAРазделение последовательности FASTAGenBank в FASTAEMBL в FASTAИзвлечение элементов GenBankИзвлечение элементов EMBLИзвлечение трансляций GenBankИзвлечение трансляций EMBLРазбиение на кодоныИзвлечение участков ДНКИзвлечение участков белкаСкользящее окно ДНКСкользящее окно белкаОчистка ДНКОчистка белкаГруппировка ДНКГруппировка белкаОднобуквенные коды аминокислот в трёхбуквенныеТрёхбуквенные коды аминокислот в однобуквенныеСтатистика ДНКСтатистика белкаЧастота использования кодоновПоиск CpG-островковМолекулярная масса ДНКМолекулярная масса белкаИзоэлектрическая точка белкаGRAVY белкаПоиск мотива в ДНКПоиск мотива в белкеНечёткий поиск в ДНКНечёткий поиск в белкеИдентичность и сходствоПоиск ORFТрансляция ДНК в белокОбратная трансляцияОбратная трансляция белкового выравниванияПродукты ПЦРСводка рестрикцииМутации для рестрикцииПарное выравнивание ДНКПарное выравнивание белковПарное выравнивание по кодонамОптимизация кодоновПоиск гидов CRISPRРестрикционная картаКарта трансляцииКарта праймеровРаскраска выравнивания по консервативностиРаскраска выравнивания по свойствамГрафик кодоновПросмотр карты плазмидыСлучайная последовательность ДНКСлучайная белковая последовательностьСлучайная кодирующая ДНКСлучайные участки ДНКСлучайные участки белкаВыборка ДНКВыборка белкаПеремешивание ДНКПеремешивание белкаМутирование ДНКМутирование белкаГенетические кодыКоды IUPAC