PCR 프라이머 분석
PCR 프라이머를 확인하는 방법
- 프라이머를 한 줄에 하나씩, 필요하면 서열 앞에 이름을 붙여서, 또는 FASTA로 붙여 넣습니다.
- 최근접 염기쌍법 녹는 온도에 쓸 프라이머 농도와 나트륨 농도를 설정합니다.
- 각 프라이머의 길이, GC 함량, 세 가지 녹는 온도, 분자량과 해당하는 경고가 나옵니다.
자주 묻는 질문
어떤 녹는 온도를 써야 하나요?
최근접 염기쌍법 값이 가장 정확합니다. 기본식은 짧은 프라이머에서 A·T를 2 °C, G·C를 4 °C로 세고, 긴 것에는 GC 공식을 씁니다. 염 농도 보정 값은 나트륨으로 보정한 것입니다.
경고는 무엇을 확인하나요?
길이가 18~30염기 범위 밖, GC 함량이 40~60% 범위 밖, 3' 끝이 G도 C도 아님, 끝 5염기에 G나 C가 4개 이상, 같은 염기가 5개 이상 연속, 헤어핀이나 프라이머 이량체를 만들 수 있는 자기 상보적 구간입니다.
서열이 업로드되나요?
아니요. 모든 작업이 브라우저 안에서 이루어지므로 서열이 기기 밖으로 나가지 않습니다.
다른 DNA·단백질 서열 도구
역상보 서열DNA → RNA 변환FASTA 서열 합치기FASTA 서열 나누기GenBank → FASTA 변환EMBL → FASTA 변환GenBank 피처 추출EMBL 피처 추출GenBank 번역 추출EMBL 번역 추출코돈으로 나누기DNA 범위 추출단백질 범위 추출DNA 창 추출단백질 창 추출DNA 정리단백질 정리DNA 묶어 보기단백질 묶어 보기아미노산 한 글자 → 세 글자아미노산 세 글자 → 한 글자DNA 통계단백질 통계코돈 사용 빈도CpG 섬 찾기DNA 분자량단백질 분자량단백질 등전점단백질 GRAVYDNA 패턴 찾기단백질 패턴 찾기DNA 유사 검색단백질 유사 검색동일성과 유사성ORF 찾기DNA를 단백질로 번역역번역단백질 정렬 역번역PCR 산물제한효소 요약제한 자리 만드는 변이DNA 두 개 정렬단백질 두 개 정렬코돈 단위 정렬제한효소 지도번역 지도프라이머 지도보존도로 정렬 색칠성질로 정렬 색칠코돈 플롯무작위 DNA 서열무작위 단백질 서열무작위 암호화 DNADNA 영역 무작위화단백질 영역 무작위화DNA 표본 추출단백질 표본 추출DNA 섞기단백질 섞기DNA에 변이 넣기단백질에 변이 넣기유전 암호표IUPAC 코드