Analyse d’amorces PCR
Comment vérifier des amorces PCR
- Collez les amorces une par ligne, avec un nom facultatif avant chaque séquence, ou en FASTA.
- Réglez les concentrations d’amorce et de sodium utilisées pour la température de fusion par plus proche voisin.
- Chaque amorce est listée avec sa longueur, sa teneur en GC, trois températures de fusion, sa masse moléculaire et les éventuelles alertes.
Questions fréquentes
Quelle température de fusion utiliser ?
La valeur par plus proche voisin est la plus précise. La formule basique compte 2 °C par A ou T et 4 °C par G ou C pour les amorces courtes, avec une formule GC pour les plus longues ; la valeur corrigée en sel tient compte du sodium.
Que vérifient les alertes ?
Longueur hors de 18-30 bases, teneur en GC hors de 40-60 %, pas de G ni de C en 3', plus de 3 G ou C dans les 5 dernières bases, séries de 5 bases identiques ou plus, et segments autocomplémentaires pouvant former des épingles à cheveux ou des dimères d’amorces.
Ma séquence est-elle envoyée ?
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