PCR プライマー解析
PCR プライマーを確認する方法
- プライマーを1行に1つ、必要なら配列の前に名前を付けて、または FASTA で貼り付けます。
- 最近接塩基対法の融解温度に使うプライマー濃度とナトリウム濃度を設定します。
- 各プライマーの長さ、GC 含量、3つの融解温度、分子量と、該当する警告が表示されます。
よくある質問
どの融解温度を使えばよいですか？
最近接塩基対法の値が最も正確です。基本式は短いプライマーでは A・T を 2 °C、G・C を 4 °C として数え、長いものには GC の式を使います。塩濃度補正の値はナトリウムで補正したものです。
警告では何を確認していますか？
長さが 18〜30 塩基の範囲外、GC 含量が 40〜60% の範囲外、3' 末端が G でも C でもない、末端5塩基に G か C が4つ以上、同じ塩基が5つ以上連続、ヘアピンやプライマーダイマーを作りうる自己相補的な領域です。
配列はアップロードされますか？
いいえ。すべてブラウザの中で動くため、配列が端末の外に出ることはありません。