PCR primer istatistikleri
PCR primerleri nasıl kontrol edilir
- Primerleri her satıra bir tane, istersen her dizinin önüne bir adla ya da FASTA olarak yapıştır.
- En yakın komşu erime sıcaklığı için kullanılan primer ve sodyum derişimlerini ayarla.
- Her primer uzunluğu, GC içeriği, üç erime sıcaklığı, molekül ağırlığı ve varsa uyarılarla listelenir.
Sık sorulan sorular
Hangi erime sıcaklığını kullanmalıyım?
En yakın komşu değeri en doğrusudur. Temel formül kısa primerler için A ya da T başına 2 °C, G ya da C başına 4 °C’dir; uzun primerler için bir GC formülü kullanılır. Tuza göre düzeltilmiş değer onu sodyuma göre düzeltir.
Uyarılar neyi kontrol ediyor?
18–30 baz dışındaki uzunluk, %40–60 dışındaki GC içeriği, 3' ucunda G ya da C olmaması, son 5 bazda 3’ten fazla G ya da C, aynı bazın 5 ya da daha uzun tekrarları ve saç tokası ya da primer dimeri oluşturabilecek kendine tamamlayıcı bölümler.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.
Diğer DNA ve protein dizisi araçları
Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaGenBank özellik çıkarıcıEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıCpG adası bulucuDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonDNA ikili hizalamaProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuKesim haritasıTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirKodon grafiğiPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları