CpG adası bulucu
CpG adaları nasıl bulunur
- Bir DNA dizisini düz metin ya da FASTA olarak yapıştır.
- Olağan eşikleri koru (200 bazlık pencere, en az %50 GC ve en az 0,6 gözlenen/beklenen CpG) ya da değiştir.
- Geçen pencereler bölgelerde birleştirilir ve uzunlukları, GC içerikleri ve gözlenen/beklenen CpG değerleriyle listelenir.
Sık sorulan sorular
Gözlenen/beklenen CpG nasıl hesaplanıyor?
CG dinükleotitlerinin sayısı çarpı pencere uzunluğu, bölü C sayısı çarpı G sayısı.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.
Diğer DNA ve protein dizisi araçları
Ters tamamlayıcıDNA’dan RNA’yaFASTA dizilerini birleştirFASTA dizisini bölGenBank’ten FASTA’yaEMBL’den FASTA’yaGenBank özellik çıkarıcıEMBL özellik çıkarıcıGenBank translasyon çıkarıcıEMBL translasyon çıkarıcıKodonlara bölDNA aralık çıkarıcıProtein aralık çıkarıcıDNA pencere çıkarıcıProtein pencere çıkarıcıDNA filtreleProtein filtreleDNA gruplaProtein gruplaTek harften üç harfli amino asit kodlarınaÜç harften tek harfli amino asit kodlarınaDNA istatistikleriProtein istatistikleriKodon kullanımıDNA molekül ağırlığıProtein molekül ağırlığıProtein izoelektrik noktasıProtein GRAVYDNA desen bulmaProtein desen bulmaDNA bulanık aramaProtein bulanık aramaÖzdeşlik ve benzerlikORF bulucuDNA’yı proteine çevirTers translasyonProtein hizalamasının ters translasyonuPCR primer istatistikleriPCR ürünleriKesim özetiKesim için mutasyonDNA ikili hizalamaProtein ikili hizalamaKodon ikili hizalamaKodon optimizasyonuCRISPR kılavuz bulucuKesim haritasıTranslasyon haritasıPrimer haritasıHizalamayı korunmuşluğa göre renklendirHizalamayı özelliklere göre renklendirKodon grafiğiPlazmit haritası görüntüleyiciRastgele DNA dizisiRastgele protein dizisiRastgele kodlayan DNARastgele DNA bölgeleriRastgele protein bölgeleriDNA örnekleProtein örnekleDNA karıştırProtein karıştırDNA mutasyonuProtein mutasyonuGenetik kodlarIUPAC kodları