CRISPR kılavuz bulucu
CRISPR kılavuzları nasıl bulunur
- Kesmek istediğin DNA’yı düz metin ya da FASTA olarak yapıştır.
- Nükleazı ve PAM’ini seç ya da kendininkini yaz ve kılavuz uzunluğunu ayarla.
- GC aralığını ve TTTT dizisi içeren kılavuzların çıkarılıp çıkarılmayacağını ayarla.
- Her kılavuz konumu, ipliği, dizisi, PAM’i ve GC içeriğiyle listelenir. «Çıktıyı kopyala» ya da «İndir» sonucu kaydeder.
Sık sorulan sorular
PAM nedir?
Nükleazın hedefinin yanında oturması gereken kısa bir motif. SpCas9, 20 nt’lik kılavuzun hemen ardından NGG ister; Cas12a daha uzun bir kılavuzun hemen önünde TTTV ister. PAM yoksa kesim de yok.
Hangi GC içeriğini hedeflemeliyim?
%35 ile %75 arası çoğu kılavuz için çalışır; olağan ideal aralık %40–60’tır. Çok düşük GC zayıf bağlanır, çok yüksek GC hedef dışı kesimi artırır.
TTTT içeren kılavuzlar neden çıkarılır?
Dört ya da daha fazla T bazından oluşan bir dizi, kılavuzu ifade etmek için kullanılan U6 promotörü için sonlanma sinyali gibi davranabilir; böylece sgRNA kesik çıkar.
Tohum sütunu ne anlama geliyor?
Yapıştırdığın dizide PAM’in yanındaki aynı 12 bazı taşıyan kaç başka yer olduğu. Sıfırın üstündeki her şey kılavuzun bu dizide bile tek olmadığı anlamına gelir; bu yüzden sipariş etmeden önce onu bütün genoma karşı kontrol et.
Bu genomda hedef dışı bölgeleri kontrol ediyor mu?
Hayır. Yalnızca yapıştırdığın dizide arar, çünkü genom çapında bir arama genomu gerektirir. Onu kılavuzları kısa listeye almak için kullan, sonra kısa listeyi organizmana karşı puanla.
Dizilerim yükleniyor mu?
Hayır. Her şey tarayıcında çalışır; dizilerin cihazından çıkmaz.